Prenatalno genetsko testiranje ima nekoliko prednosti i nedostataka. S druge strane, omogućuje planiranje mogućih razvojnih problema, utvrđivanje održivosti fetusa i utvrđivanje očinstva. S druge strane, nosi rizik od oštećenja fetusa i može povećati vjerojatnost pobačaja. Genetsko testiranje također nije 100% točno i može uzrokovati emocionalne probleme za ženu ili par ako se suoče s odlukom hoće li prekinuti trudnoću.
Prenatalno genetsko testiranje može roditeljima pružiti informacije potrebne za planiranje posebnih potreba koje njihovo buduće dijete može imati. Može utvrditi jesu li prisutne urođene mane kao što su rascjep usne ili spina bifida, čime se roditeljima pruža vrijeme za planiranje mogućnosti liječenja i mogućih operacija. Za razvojne probleme kao što su Downov sindrom i druge trisomije kao što je Edwardov sindrom, prenatalno genetsko testiranje daje roditeljima vremena da se pripreme za mogućnost odgajanja djeteta s takvim stanjem.
U većini trudnoća, fetus koji nije kompatibilan sa životom će pobaciti. Postoje, međutim, slučajevi u kojima se trudnoća nastavlja, bez obzira na to što će fetus gotovo sigurno umrijeti odmah nakon rođenja. U tim slučajevima, prenatalno genetsko testiranje može biti od pomoći u određivanju je li sigurno ili korisno nositi trudnoću do termina, čime se štiti zdravlje majke i štiti fetus od nepotrebne boli.
Još jedna prednost prenatalnog genetskog testiranja je utvrđivanje očinstva prije rođenja djeteta. To može pojednostaviti aranžmane za skrbništvo i uzdržavanje djece. Genetsko testiranje može se provesti amniocentezom relativno rano u trudnoći. DNK prikupljen ovim testom može se usporediti s DNK mogućih očeva kako bi se utvrdilo tko je pravno odgovoran za dijete.
Vjerojatno jedan od najvećih nedostataka prenatalnog genetskog testiranja je emocionalni utjecaj koji može imati na oba roditelja. Ova vrsta testiranja često im daje izbor hoće li ili ne nastaviti trudnoću. Za neke se to može smatrati dobrom stvari. To, međutim, može povećati šanse za emocionalnu traumu ili osjećaj krivnje u smislu donošenja ili odluke o prekidu.
Iako se genetsko testiranje svake godine poboljšava, određeni rizici i dalje postoje. Dva najčešća genetska testa, kronična resica i amniocenteza, povećavaju rizik od pobačaja i, u nekim slučajevima, mogu potencijalno naštetiti fetusu. Ova vrsta testiranja također nije uvijek točna. Fetusi s dijagnosticiranim određenim problemima mogu se roditi savršeno zdravi, a oni za koje se vjeruje da su zdravi u maternici možda i nisu.