Glavna prednost uzimanja antibiotika za zubobolju je eliminacija bilo koje zubne flore koja bi mogla rasti u i oko zuba. To uvelike smanjuje količinu nelagode koju pacijent osjeća, kao i sprječava mnoge moguće zdravstvene probleme. U mnogim slučajevima, to je najisplativija metoda za liječenje zubobolje. Nedostaci korištenja antibiotika za zubobolju uključuju moguće alergijske reakcije, krvarenje i glavobolje. U rijetkim slučajevima pacijenti prijavljuju probleme s vidom, povraćanje i pojačanu bol.
Mnogi stomatolozi propisuju antibiotike za zubobolju ako je bol uzrokovana bakterijskom infekcijom. Infekcija, ako se ne kontrolira, može se proširiti na druga područja tijela, uključujući mozak. Ako se to dogodi, pacijent ima visok rizik od razvoja mnogo ozbiljnijeg zdravstvenog stanja. Antibiotici mogu potpuno eliminirati prisutnost štetnih bakterija u i oko zuba i desni. To može dovesti do trajnog olakšanja za nekoliko dana.
Osim olakšanja, antibiotici su često jeftinija alternativa stomatološkoj kirurgiji. Pacijenti mogu izbjeći vađenje zaraženih zuba ako se utvrdi da je antibiotski lijek održiva opcija. Liječenje se također smatra prikladnijom opcijom od kirurškog zahvata, jer zahtijeva mnogo manje vremena.
Međutim, kao i kod svakog lijeka, uzimanje antibiotika za zubobolju ima svoje nedostatke. Liječnici će često pitati pacijenta o bilo kojim već postojećim zdravstvenim stanjima ili bilo kojim drugim lijekovima koje bi pacijent mogao uzimati prije nego što napišu recept za lijekove. Antibiotici mogu imati štetne interakcije s drugim lijekovima, uzrokujući više štete za pacijenta nego koristi. Neka stanja pogoršavaju antibiotici, jer lijekovi mogu eliminirati dobre bakterije koje sprječavaju ozbiljnije probleme; gljivična infekcija, na primjer, pogoršat će se upotrebom određenih lijekova. Općenito, trudnicama se savjetuje izbjegavanje antibiotika jer bi lijek mogao naštetiti fetusu u razvoju.
Negativne nuspojave antibiotika mogu varirati između vrsta lijekova. Na primjer, poznato je da amoksicilin izaziva proljev kod pacijenata. Penicilin, s druge strane, može uzrokovati mučninu i razvoj crne obloge na jeziku. Alergijske reakcije na antibiotike mogu uzrokovati oticanje zubnog mesa, što zauzvrat povećava pritisak na inficirani zub i uzrokuje znatno veću nelagodu za pacijenta. Velike doze jakih antibiotika također mogu dugoročno uzrokovati oštećenje jetre ili bubrega.