Postoje mnoge prednosti organizacijske strukture, posebice struktura koja je jasna i određena. Kada organizacija ima odgovarajuću strukturu, može djelovati učinkovitije, posebno kada svi zaposlenici – od radnika na nepuno radno vrijeme do višeg menadžmenta – znaju za što su odgovorni i kada su odjeli jasno određeni. Što organizacija ima više strukture, to će bolje funkcionirati općenito.
Jedna od prednosti organizacijske strukture je jasno definirana raspodjela zadataka i odgovornosti za nadzor. Organizacija koja je optimalno organizirana trebala bi biti sposobna stvoriti organizacijski dijagram toka koji pokazuje koji su zaposlenici i odjeli pod nadzorom kojih menadžera i rukovoditelja, što je obično naznačeno nazivima poslova. Točno specificiranje organizacijske hijerarhije znači da bi zaposlenici trebali znati kome se trebaju obratiti kada imaju različita pitanja ili nedoumice.
Organizacija koja ima hijerarhijski dijagram toka također može imati jasno ocrtane podjele odjela i specifične opise poslova za sve zaposlenike. To će pomoći da se osigura da svi zaposlenici i odjeli razumiju svoje odgovornosti i olakšat će obuku novih ili premještaju zaposlenika. Unakrsna obuka zaposlenika također će se moći upravljati u organiziranom sustavu rada. Ovakva struktura također bi trebala pomoći u izbjegavanju preklapanja odgovornosti i dupliciranja usluga, što će organizaciji uštedjeti novac i vrijeme te povećati učinkovitost.
Ako je organizacija ili poduzeće uređeno kao što je gore opisano, tada je lako povremeno ponovno procjenjivati ciljeve i ciljeve organizacije kao i napredak koji se ostvaruje prema njima. Kao strukturno zdrava organizacija, tada mogu lakše izraditi akcijske planove za rješavanje problematičnih područja, kao što je niska profitabilnost u određenom području ili poteškoće u pružanju usluga korisnicima. Akcijski plan će sadržavati cilj koji se rješava, predložene radnje za poboljšanje učinka i ljude ili odjele odgovorne za provođenje aktivnosti. Opisi poslova, raspored odjela i hijerarhija jasno su definirani, tako da bi odlučivanje tko bi trebao rješavati probleme trebalo biti jednostavan proces.
Još jedna od prednosti organizacijske strukture je da može pomoći u podizanju morala zaposlenika. Kada zaposlenici točno znaju koje su njihove odgovornosti i za što su odgovorni drugi radnici, vjerojatnije je da će se osjećati sigurno u vezi svog posla. Sveobuhvatan opis posla eliminira frustraciju koju zaposlenici osjećaju kada nisu sigurni što bi trebali raditi. Što se svi zaposlenici osjećaju ugodnije sa svojim poslovima, veća je vjerojatnost da će imati visok moral i zadržati svoje pozicije. To će povećati profitabilnost i uspjeh tvrtke, poduzeća ili organizacije.