Vjeruje se da probiotici u grčkom jogurtu poboljšavaju probavu, povećavaju imunitet na infekcije, sprječavaju alergije i rješavaju neredovite stolice. Mliječni šećer se lakše probavlja kada su prisutni probiotici, pomažući onima s netolerancijom na laktozu da steknu zdravstvene prednosti povezane s grčkim jogurtom bez neugodnih nuspojava. Rizik od raka debelog crijeva također se može smanjiti konzumiranjem probiotika koji se nalaze u grčkom jogurtu; međutim, kontinuirana istraživanja u ovom području nastoje potvrditi u kojoj je mjeri to istina.
Grčki jogurt sadrži veću koncentraciju probiotika od običnog jogurta, pa su povoljni učinci probiotika povećani. Ove zdrave bakterije žive u gastrointestinalnom sustavu i pomažu u održavanju zdravlja i pravilnog funkcioniranja crijeva. U zdravom crijevu može živjeti oko 10 trilijuna bakterija, a grčki jogurt pomaže u obnavljanju tih bakterija. Dok obični jogurt sadrži samo dvije različite vrste korisnih bakterija, grčki jogurt sadrži do šest vrsta, a sve doprinose zdravom crijevu.
Probiotici su posebno korisni za osobe s netolerancijom na mliječne proizvode koji nemaju sposobnost proizvodnje enzima zvanog laktaza koji pomaže u razgradnji ugljikohidrata u mlijeku. Probiotici u grčkom jogurtu sami proizvode laktazu koja razgrađuje mlijeko, čineći mliječne proizvode lakše probavljivim. Ljudi s netolerancijom na mliječne proizvode stoga mogu uživati u zdravstvenim prednostima grčkog jogurta bez neugodnih nuspojava.
Istraživanja su pokazala da probiotici u grčkom jogurtu imaju blagotvoran učinak na zdravlje crijevnog trakta. To može biti korisno za liječenje proljeva, na primjer, kod milijuna djece pogođene siromaštvom diljem svijeta. Probiotici se također mogu koristiti za ublažavanje simptoma upalnih bolesti crijeva, sindroma iritabilnog crijeva i zatvora.
Probiotici u grčkom jogurtu mogu pomoći u sprječavanju alergijskih reakcija i korisni su, na primjer, u sprječavanju ekstremnih alergijskih reakcija kod djece. Alergije su u porastu posljednjih godina, a probiotici koji se nalaze u grčkom jogurtu mogli bi igrati ulogu u ublažavanju njihove prevalencije. Rizik od raka debelog crijeva potencijalno se može smanjiti konzumiranjem probiotika, poput onih koji se nalaze u grčkom jogurtu. Istraživanja su pokazala da se učestalost tumora smanjuje kao rezultat uzimanja probiotika, ali daljnje studije to nastoje potvrditi.
Grčki jogurt koji sadrži probiotike je hranjiv, bogat kalcijem i proteinima. Hranjive tvari poput folne kiseline, riboflavina i vitamina B12 pojačane su prisutnošću bakterija u grčkom jogurtu. Studije provedene na životinjama i ljudima sugerirale su da probiotici u grčkom jogurtu pomažu jačanju imunološkog sustava. Ovo je posebno korisno za one sa slabim imunološkim sustavom, kao što su bolesni ili stariji.