Postoje mnoge prednosti povezane s pšenicom od cjelovitog zrna, neke od njih su nutritivne, a neke se bave procesom kuhanja. Mnogi od prirodnih nutrijenata u pšenici nalaze se u mekinjama i klicama pšeničnih bobica, a to su dijelovi koji se uklanjaju kada se pšenica preradi u bijelo brašno i druge proizvode. Korištenjem pšenice od cjelovitog zrna povećava se količina magnezija, mangana i vlakana koji se mogu kombinirati kako bi pomogli tijelu da radi učinkovitije, smanjio rizik od nekih bolesti i poboljšao probavu. Neki proizvođači su otkrili da korištenje pšenice od cjelovitog zrna također pogoduje njihovim proizvodnim linijama, jer je trajnije i lako se može miješati, mjeriti i pratiti od žetve do konačnog proizvoda, za razliku od nekih brašna s više prerade.
Jedan od ključnih načina na koji pšenica od cjelovitog zrna može koristiti tijelu je način na koji se probavlja. Klice i mekinje se konzumiraju, pa tijelo probavlja pšenicu sporije nego što bi to bilo da nisu uključene. To omogućuje da se pšenica pretvori u šećere sporije i prirodnije nego što bi to bilo s prerađenim, fino mljevenim bijelim brašnom napravljenim od endosperma pšenice. Smanjenje brzine probave može pomoći u izbjegavanju skokova šećera u krvi koji mogu uzrokovati nuspojave. To također znači da će se osoba koja je pojela pšenicu od cjelovitog zrna osjećati sitost dulje vrijeme, pomažući u održavanju zdrave težine.
Magnezij sadržan u cjelovitoj pšenici može pomoći u sprječavanju problema s proizvodnjom inzulina, što može smanjiti rizik od razvoja dijabetesa tipa 2. Također se pokazalo da jedenje cjelovite pšenice smanjuje rizik od srčanih bolesti i raka dojke. Određeni elementi unutar cjelovitog zrna pšenice, kao što su različite vrste kiselina u mekinjama, imaju antioksidanse i druga svojstva koja se mogu boriti protiv infekcija i bolesti i općenito imaju povoljan učinak na tijelo ako se jedu u odgovarajućim količinama kao dio zdrave prehrane.
Neke tvrtke koje proizvode komercijalne pečene proizvode otkrile su da korištenjem pšenice cjelovitog zrna bolje mogu pratiti i kontrolirati svoje zalihe žitarica od izvora do proizvodnje. Zrno također može izdržati neke tehnike obrade s povoljnijim rezultatima nego limenke prerađenog bijelog brašna. Povezane zdravstvene dobrobiti također znače da neki proizvođači smatraju korisnim oglašavati upotrebu cjelovitih žitarica u svojoj hrani kako bi privukli potrošače.