Dok mnogi trkači odmah osjete dobrobit trčanja bosi, drugi trkači možda neće biti uvjereni da je vježba sigurna ili korisna, zbog čega se rasprava nastavlja. Neke studije su zaključile da prednosti trčanja bosonoge uključuju manje stresa na stopala i noge, dok druge kažu da su prednosti zanemarive ili čak nikakvi. Stopalo će se kretati prirodnije kada trčite bosi za razliku od trčanja u cipelama s jastucima, što može smanjiti rizik od ozljeda mekih tkiva ili čak prijeloma stopala.
Možda je najznačajnija od prednosti trčanja bosonogi smanjeni utjecaj koji podnose bosonogi trkači. Ljudi koji trče u cipelama s jastučićima imaju tendenciju doskočiti na petu tijekom trčanja, što znači da se značajna količina sile prenosi na stopala i noge. Bosonogi trkači, međutim, imaju tendenciju doskočiti na loptice stopala, što temeljitije ublažava udar i sprječava prijenos iste količine sile na stopala i noge. Prednosti trčanja bosonogi u ovom slučaju znače manji potencijal za ozljede i smanjenu pojavu preranog umora.
Trčanje s tenisicama s jastučićima zapravo može oslabiti stopalo pružajući višak potpore u luku i peti. Slabije stopalo znači veću vjerojatnost ozljeda, posebno u stopalu i gležnju. Jedna od prednosti trčanja bosonog je sposobnost jačanja mišića, tetiva, ligamenata, pa čak i hrskavice prisutnih u cijelom stopalu, što smanjuje vjerojatnost ozljeda i može povećati pokretljivost i stabilnost stopala i nogu. Prijelaz između trčanja s cipelama i trčanja bosonog treba raditi pažljivo i postupno, jer se oslabljeno stopalo neće naviknuti na novu okolinu. Hod trkača će možda trebati prilagoditi tako da on ili ona pri trčanju sleti na podnožje stopala umjesto na pete.
Jedan potencijalni nedostatak bosonogog trčanja je izloženost elementima, kao i neravan ili neudoban teren. Čak i nakon što se na stopalima razviju žuljevi, trkač će riskirati da dobije ubodne rane od krhotina razbacanih po tlu, što zauzvrat može dovesti do infekcija kao što je tetanus. Trčanje preko raznih vrsta krhotina također može biti neugodno za neke trkače, a postoji i veći rizik od drugih ozljeda kao što su izbočeni nožni prsti koji mogu rezultirati prijelomima. Razvijene su posebne cipele bez jastučića s pojedinačnim utorima za prste kako bi omogućili prirodno kretanje stopala, istovremeno pružajući određenu zaštitu od krhotina.