Freud i Jung dijelili su odnos dugi niz desetljeća, jer je Jung, mlađi partner, naučio više o Freudovim teorijama nesvjesnog. Možda je na sreću moderne psihologije Jung kasnije odbacio neke od Freudovih teorija i naginjao se vlastitoj metodi psihologije koju je nazvao analitičkom. Obojica su se oslanjala na koncept nesvjesnog kao način objašnjavanja snova, ali Jung je više crpio na višeslojni koncept podsvijesti. Zanimljive su za promatranje primarne razlike između Freuda i Junga.
Glavni raskol koji razdvaja dva psihijatra odnosi se na religiju. Freud je smatrao da je religija bijeg i zabluda, koju ne treba propagirati. Njegov odnos prema religiji podsjeća na odnos Karla Marxa. Religija je bila “opijat” za mase. Njegova je vjera bila u potpunosti u sposobnosti uma da pristupi svojim nesvjesnim mislima, izliječući tako sve neuroze.
Jung je obrnuto vjerovao da je religija važno mjesto sigurnosti za pojedinca dok je on ili ona započinjao proces individuacije, istraživanja i prihvaćanja svih dijelova sebe. Religija je nadalje bila sredstvo komunikacije između svih tipova ljudi, jer iako su se religije razlikovale, arhetipovi i simboli ostali su isti.
Jung nije prakticirao tradicionalnu kršćansku religiju, već je naginjao istraživanju okultizma. U nekim Freudovim pismima on optužuje Junga za antisemitizam, koji se ne temelji toliko na prihvaćanju židovstva kao religije, koliko na diskriminaciji Židova općenito. Međutim, Jungovo je poštovanje prema religioznim aspektima židovskog života bilo veće od Freudova.
Freud i Jung nisu se složili oko toga što čini nesvjesno. Freud je na nesvjesno gledao kao na skup slika, misli i iskustava koje je pojedinac odbio obraditi, što je dovelo do neuroza. Jung je dodao ovu definiciju navodeći da svaki pojedinac također posjeduje kolektivno nesvjesno, skupinu zajedničkih slika i arhetipova zajedničkih svim ljudima. Oni su često isplivali na površinu osobnog nesvjesnog. Snovi bi se mogli bolje tumačiti razumijevanjem simboličkih referentnih točaka univerzalno zajedničkih simbola.
Freud je vjerovao da je glavna pokretačka snaga muškaraca i žena potisnuta ili izražena seksualnost. Neostvarena seksualnost dovela je do patoloških stanja. Jung je vjerovao da je seks samo jedna od mnogih stvari koje pokreću ljude. Što je još važnije, ljudi su vođeni svojom potrebom za postizanjem individualnosti, cjelovitosti ili potpunog znanja o sebi. Mnoge emocije tjeraju ljude da djeluju na psihološki nezdrave načine, ali svi su ti načini bili čežnja za željom da se osjećaju potpuno.
Nesvjesno je za Freuda bilo skladište svih potisnutih seksualnih želja, što je rezultiralo patološkom ili mentalnom bolešću. Samo kroz razgolićavanje nesvjesnog čovjek može otkriti kako živjeti sretno i ozdraviti od psihičke bolesti. Jung je, naprotiv, smatrao da nesvjesno često samo od sebe teži cjelovitosti, te da mentalna bolest nije patologija, već nesvjesna regulacija emocija i pohranjenih iskustava koja teže individuaciji.
Cilj terapeuta, prema Jungu, bio je pomoći osobi da prepozna rad nesvjesnog, a time i pomoći pacijentu da shvati kako bolje težiti individuaciji koja bi proizvela “cjelinu” osobu.
Dok Freud teži vrlo majstorskom načinu jurišanja na nesvjesno kako bi ga razgolitio od potisnutih osjećaja, Jungov je put više u skladu s kasnijim humanističkim psiholozima. Inspirira holističku Gestalt školu, a kasnije i terapijske škole.
Ideja o nesvjesnom općenito je gotovo univerzalno prihvaćena, ali ni Freud ni Jung nisu smatrali da je nakon objašnjenja neophodan nastavak terapeutskog rada. Kasnije su se psihoanalitičke škole poput onih koje postavljaju promjene u ponašanju pokazale uspješnijim u liječenju mentalnih bolesti. Nakon što se razumiju temeljni osjećaji, posao leži u pomaganju negirati te osjećaje i zamijeniti ih pozitivnijim mislima. Ovo djelo je nešto što su i Freud i Jung ignorirali. Ipak, obojici teoretičara dugujemo za njihov doprinos psihijatriji. Zapravo, oni su zaslužni za početak polja psihijatrije.