Dvije glavne primjene prepoznavanja šarenice su identifikacija i kontrola pristupa, iako se to međusobno ne isključuju i jedan se često koristi za drugi. Identifikacija uključuje korištenje početne slike snimljene skenerom šarenice oka, koja se sprema u bazu podataka, a zatim se kasnije može koristiti za ponovno identificiranje te osobe. Ova vrsta tehnologije već se koristi za bržu identifikaciju putnika i osoblja za zrakoplove i na graničnim prijelazima, kao i za identifikaciju djece. Upotreba prepoznavanja šarenice u kontroli pristupa obično uključuje upotrebu biometrijskih skenera koji zahtijevaju skeniranje šarenice kako bi se omogućio pristup računalnom sustavu ili za otvaranje vrata.
Prepoznavanje šarenice je proces kojim kamera snima nečiju šarenicu, što je struktura koja okružuje zjenicu oka. Ova se slika zatim koristi za generiranje matematičkog identifikatora jedinstvenog za tu osobu i njezinu šarenicu. Takve metode su manje nametljive od skenera mrežnice koji mogu obasjati infracrveno svjetlo u nečije oko i jedinstveniji su od identifikatora otiska prsta.
Jedna od najčešćih primjena prepoznavanja šarenice je u identifikaciji za brojne različite svrhe. Nakon što netko prvo skenira šarenicu oka, tada se generira identifikator te osobe koji je jedinstven za njega ili nju. Ovaj identifikator temelji se na strukturi šarenice, koja se ne mijenja zbog starenja i jedinstvena je čak i između identičnih blizanaca i trojki.
Prepoznavanje šarenice za identifikaciju može se tada koristiti za brzu i sigurnu identifikaciju pojedinaca. Posada i osoblje koje radi u zračnim lukama ili u zračnim prijevoznicima može koristiti ovu vrstu identifikacije za brže i lakše utvrđivanje identiteta na sigurnosnim kontrolnim točkama. Prepoznavanje šarenice također se koristi na prometnim granicama u Europi i drugim područjima, kako bi se ljudima koji često prelaze međunarodne granice omogućilo da to lakše učine. Identifikacija kroz ovu vrstu prepoznavanja može se koristiti i za praćenje zarobljenika u policijskim i vojnim bazama, kao i za djecu koja se tada mogu lakše tražiti u slučaju nestanka.
Kontrola pristupa je druga glavna primjena prepoznavanja šarenice koja se do sada koristila, a obično se prvo oslanja na identifikaciju. Vrata se, na primjer, mogu zaključati i mogu se otključati samo pravilnim prepoznavanjem odobrenih pojedinaca, obično putem biometrijskih skenera koji se mogu koristiti za prepoznavanje šarenice tih osoba. Računalni sustavi mogu biti regulirani na sličan način, zahtijevajući da skener prepozna šarenicu ovlaštenog korisnika prije nego što dopusti dešifriranje i pristup sustavu. Ove vrste sigurnosnih sustava za prepoznavanje šarenice postaju sve pristupačnije i vjerojatno će se dalje razvijati i primjenjivati kako tehnologija postane dostupnija.