Papagaji su ptice koje se mogu vidjeti u raznim bojama, prugama i pjegastim mutacijama. Ova vrsta ptica uvijek će imati osnovnu boju, vidljivu u žutoj pigmentaciji ili pigmentaciji na bijeloj bazi. Osnovna boja se može vidjeti ispod konturnog perja i pruga, dok primarna boja može varirati. Neke od uobičajenih primarnih boja papagaja su žuta, zelena i plava. Ljubičasti, bijeli i sivi papagaji se ne proizvode tako često.
Uobičajeno je da uzgajivači ptica pokušavaju postići neobične uzorke boja kod papiga i papagaja. To je zato što mnogi perspektivni vlasnici papagaja zahtijevaju neobične boje, uzorke i mutacije, a te rijetkosti često imaju višu cijenu. Kada se uzgajaju u zatočeništvu, često će biti dostupan širok raspon boja papagaja. Neki stručnjaci za ptice vjeruju da križanje u pokušaju postizanja specifičnih mutacija može uzrokovati genetsku grešku, podvrgavajući ptice bolestima ili defektima. Međutim, pokazalo se da su životinje s nekim mutacijama u boji otporne i dugovječne kao i ptice s prirodnim bojama koje se mogu naći u divljini.
U divljini, boje papagaja su u osnovi tamnozelene. Perje divljeg papagaja pomaže mu kamuflirati od opasnosti njegovog prirodnog australskog staništa. Predatori, kao što su zmije i veće vrste ptica, imaju poteškoća s uočavanjem prirodne tamnozelene boje papagaja usred drveća i polja.
Najrasprostranjenije boje papagaja su zelena i plava. Uzgajivači egzotičnih ptica smatraju da je plava boja najlakše postići kada se pare papagaji zbog boje. Plavi papagaji mogu se naći u raznim nijansama, poput svijetloplave ili tamnoplave.
Parenjem tamnoplavog papagaja s tamnožutom sortom rezultati mogu varirati. Potomci papagaja mogu biti zeleni, žuti, plavi ili čak ljubičasti. Neobičan izgled ljubičaste ili ljubičaste mutacije smatra se privlačnim i poželjnim.
Kada se uzgajaju u zatočeništvu, nije neuobičajeno pronaći višebojne varijacije papagaja na prodaju. Ovi neobični uzorci vrlo su željeni od strane mnogih vlasnika ptica. Neki primjeri su svijetloplavi papagaji s bijelim mrljama ili bijeli papagaji sa zelenim mrljama.
Lako je odrediti spol papagaja kada dosegne zrelost. Čovjek može razlikovati mužjaka papagaja od ženke jednostavno primjećujući boju ptičjeg grla. Cere, ili mesnata koža koja okružuje nosnice, bit će tamnoplava kod mužjaka papagaja, dok će ženka imati tamnosmeđu ili smeđu boju.