Cvjetovi perunike su višegodišnji cvjetovi, što znači da se vraćaju svake godine, a rastu iz lukovica ili rizoma, ovisno o sorti. Iako zauzeti vrtlari mogu cijeniti činjenicu da će cvjetovi izniknuti na istom mjestu svake sezone, to također znači da se mogu uspostaviti i različite vrste bolesti i štetnika irisa. Neke bolesti šarenice uzrokovane su različitim vrstama gljivičnih infekcija, poput fuzarioznog uvenuća. Ostale bolesti rezultat su aktivnosti insekata koji uzrokuju eventualne bakterijske infekcije.
Prilikom sadnje lukovica perunike najbolje je izbjegavati pjege koje su imale ove cvjetove zadnjih nekoliko godina, osim ako nije svrha proširenje postojeće, zdrave gredice. Mnoge vrste bolesti šarenice mogu živjeti u tlu godinama, a nove biljke se lako mogu zaraziti ako su im izložene. Odabir pogrešnog područja vjerojatno će rezultirati biljkama koje će uvenuti i umrijeti ubrzo nakon nicanja, iako neke mogu živjeti dovoljno dugo da procvjetaju prije nego što podlegnu.
Fusarium uvenuće primjer je gljivične infekcije koja može mučiti cvijeće dugi niz godina nakon što uđe u tlo. Ovaj problem obično prvo zarazi korijenje biljke, uzrokujući mrtve smeđe mrlje koje izgledaju utonule i meke su na dodir. Prvi vidljivi simptom može biti lišće koje je gusto i žuto; ubrzo nakon izbacivanja ovih listova biljka će umrijeti.
Još jedna od bolesti šarenice koju uzrokuje gljiva je gljiva sjemenki gorušice, također poznata kao krunska trulež i južnjačka gljivica. Biljke razvijaju smeđu sluz koja prekriva bazu cvjetova i lišća, a može se širiti duž biljke, ubijajući i zdrave i nezdrave dijelove biljke. To često napada cvjetove perunika porijeklom s pacifičke obale i raznobojne bradate perunike. Gljivica sjemenki gorušice može se učinkovito spriječiti, ali ako se jednom uspostavi, i biljke i tlo moraju se ukloniti s područja kako bi se spriječilo daljnje širenje.
Neke vrste bolesti šarenice nastaju djelovanjem insekata. Bakterijska meka trulež jedan je od takvih problema i javlja se kada bakterije uđu u rane u biljci koje su nastale djelovanjem šarenice. Rizom se zarazi zajedno s lišćem, a biljka će ispuštati neugodan miris, često bez očitog razloga. Pažljiviji pregled obično će otkriti sitne rupice koje je ostavio perunika, a jedino rješenje može biti iskopati i odbaciti cijelu biljku, posebno rizom.
Bakterijska pjegavost lista jedna je od bolesti perunika koja nije nužno smrtonosna za biljku, ali ipak može uzrokovati značajne štete. Na lišću se pojavljuju velike mrlje mokrog izgleda, prvo na rubovima, a zatim se šire prema sredini i postaju smeđe, a na kraju se mijenjaju u bijele kako list odumire. Strogi sanitarni uvjeti mogu pomoći u kontroli širenja ove infekcije, kao i uklanjanje zaraženih listova. Lišće se mora potpuno ukloniti s područja i nikada ne smije završiti na kompostnoj hrpi ili blizu rubova vrta.