Metode pobačaja mogu se razlikovati ovisno o stadiju trudnoće žene. Općenito, međutim, kirurški postupci pobačaja uključuju dilataciju i oštru kiretažu (D&C), vakuumsku aspiraciju, abdominalnu histerektomiju, dilataciju i evakuaciju, vaginalni prostaglandin i djelomični pobačaj. Iako se ove metode pobačaja rutinski prakticiraju, svaka može biti popraćena komplikacijama kao što su nuspojava na anesteziju, infekcija, nepovratno oštećenje ženskih reproduktivnih organa i neplodnost.
Dilatacija i oštra kiretaža uključuje struganje fetusa iz ženske maternice oštrim instrumentom. Neke od komplikacija koje mogu proizaći iz D&C metoda pobačaja uključuju infekciju, neplodnost, probušenu maternicu i rastrgani cerviks. Druga moguća komplikacija je nepotpuno uklanjanje fetusa, što bi tada zahtijevalo vakuumsku aspiraciju.
Kao jedan od najčešćih postupaka medicinskog pobačaja, vakuum aspiracija se izvodi u prvom tromjesečju trudnoće. Kod ove metode, usisna cijev se uvodi na otvor cerviksa i fetus se vakuumira iz maternice. Komplikacije koje mogu proizaći iz ovako izvedenih metoda pobačaja su i infekcija maternice, neplodnost, probušena maternica, krvni ugrušci u maternici, rastrgani cerviks, prekomjerno krvarenje i nepotpuno uklanjanje fetusa.
Kada se razmišlja o pobačaju u drugom tromjesečju ženine trudnoće, može se odlučiti za abdominalnu histerektomiju u kojoj se ženina maternica kirurški otvara i fetus uklanja. Ovaj postupak je vrlo sličan onom kod carskog reza koji se izvodi tijekom poroda. Komplikacije koje mogu nastati kao rezultat ove metode slične su kao i kod drugih metoda pobačaja s dodatkom moguće infekcije reza na maternici ili aspiracijskom pneumonijom.
Ostale metode pobačaja koje se provode u drugom tromjesečju uključuju dilataciju i evakuaciju te vaginalni prostaglandinski pobačaj. Dilatacija i evakuacija je kombinacija izvlačenja fetusa kroz cerviks uz istovremeno izvođenje oštre kiretaže oštrim instrumentom. Vaginalne prostaglandinske metode uključuju korištenje Prostaglandin E2 čepića za stimulaciju kontrakcija maternice i također uzrokuju omekšavanje cerviksa dok se na kraju ne otvori i izbaci fetus.
U posljednjem tromjesečju trudnoće metode pobačaja mogu uključivati abdominalnu histerektomiju ili postupak poznat kao intaktna dilatacija i ekstrakcija, koji se obično naziva djelomični pobačaj. Ovaj postupak podrazumijeva povlačenje fetusa za stopala sve dok unutar maternice ne ostane samo glava. U ovom trenutku, oštar instrument se probija kroz lubanju fetusa i sadržaj lubanje se isisava. Uslijed odstranjivanja mozga dolazi do kolapsa lubanje i izbacivanja cijelog fetusa.