Od novorođenčeta prvo se mora prerezati pupkovina koja će biti pohranjena. U idealnom slučaju, to bi trebalo učiniti što je prije moguće, a zatim bi kabel trebao biti pohranjen u sterilnom spremniku prije nego što se transportira u laboratorij. Ponekad je pohranjena cijela pupkovina, ali drugi put samo dio pupkovine. Krv iz pupkovine i gel koji okružuje arterije u pupkovini također se mogu čuvati odvojeno. Roditelji mogu odlučiti pohraniti djetetovu vrpcu u privatnoj banci za osobnu upotrebu ili donirati javnoj banci.
Odluku o korištenju pupčanih skladišta treba donijeti prije rođenja djeteta, kako bi se liječnici i medicinske sestre mogli pripremiti. Vrpcu koja je namijenjena za skladištenje treba prerezati gotovo odmah nakon poroda. To osigurava da više krvi ostane u pupkovini.
Nakon što je pupkovina stegnuta i prerezana, ponekad se uklanja krv iz pupkovine. To se može učiniti štrcaljkom ili se krv može baciti u sterilnu posudu. To se obično radi prije nego što se uzorci krvi i tkiva transportiraju u skladište za pupkovinu.
Ako roditelji odluče spasiti i pupčano tkivo, to se također stavlja u sterilnu posudu. U posudu se dodaje i konzervans. Dijelovi koji su oko 4 do 6 inča (10.2 do 15.2 centimetra) mogu se staviti u pohranu pupkovine.
Tkivo pupkovine mora se brzo označiti i transportirati u laboratorij na obradu, jer tkivo može postati beskorisno nakon relativnog vremenskog razdoblja. Većina stručnjaka slaže se da se pupčano tkivo mora obraditi u roku od dan ili dva. Za to vrijeme tkivo se pohranjuje u vrlo hladan pretinac kako bi se sačuvalo.
Različite komponente mogu se izdvojiti iz pupkovine tijekom obrade, uključujući preostalu krv. Gel koji okružuje arterije u pupkovinoj vrpci, poznat kao Whartonov žele, također se može ukloniti. Ova gelasta tvar zapravo je vrsta vezivnog tkiva, a bogata je matičnim stanicama.
Za pohranu pupkovine potrebne su ekstremno niske temperature. Većina stručnjaka se slaže da je idealna temperatura za pohranu pupkovine oko -249 stupnjeva Fahrenheita (-156 stupnjeva Celzija). Ove ekstremne temperature obično se održavaju tekućim dušikom ili dušikovom parom.
Tekući dušik može pohraniti pupčane vrpce na temperaturi od oko -310 stupnjeva Fahrenheita (-190 stupnjeva Celzija), a tkivo se stavlja u metalnu posudu prije nego što se potopi u tekućinu. Neki stručnjaci, međutim, smatraju da postoji mogućnost bakterijske kontaminacije pri korištenju tekućeg dušika. Dušikova para se također može koristiti za skladištenje pupkovine, a to održava temperaturu od oko -202 stupnja Fahrenheita (-130 stupnjeva Celzija). Nedostatak ovog načina skladištenja je da temperature mogu varirati.
Korištenje privatne banke za pohranu pupkovine može biti vrlo skupo. Međutim, pojedinci s privatno pohranjenim pupkovinom imat će pristup savršeno usklađenim matičnim stanicama u budućnosti. Pojedinci koji si ne mogu priuštiti plaćanje privatnog skladištenja, ali ne žele da pupkovine njihove dojenčadi budu medicinski otpad, mogu donirati pupkovinu. To je besplatno, a krv i tkivo iz pupkovine mogu se koristiti za istraživanje matičnih stanica.