Postoje dvije različite vrste uklanjanja ganglija: aspiracija i ekscizija. Obje vrste uklanjanja ganglija su relativno sigurne, a vrlo malo komplikacija proizlazi iz bilo koje metode. Svaka od ove dvije metode uklanjanja može se izvesti u liječničkoj ordinaciji, a oba postupka traju samo kratko vrijeme.
Kada se odabere aspiracija, velika igla pričvršćena na štrcaljku se ubacuje u cistu. Ekstrahiranjem tekućine koja se nalazi unutar ciste, cista se privremeno uklanja. Ovaj proces uklanjanja ganglija traje otprilike trideset minuta. Pacijenti koji se podvrgnu postupku aspiracije često napuštaju liječničku ordinaciju s malim zavojem, iako je ovaj zahvat relativno bezbolan.
Ekscizija ciste je nešto složenija od postupka aspiracije. Velike ciste moraju se ukloniti metodom ekscizije. Ovaj se postupak također odvija u liječničkoj ordinaciji, iako se koristi lokalni ili regionalni anestetik. Nakon što utvrdi točnu veličinu i oblik ciste, liječnik će pokušati ukloniti cistu skalpelom. Nakon što je cista uklonjena, na rez se stavljaju šavovi. Pacijenti moraju ostati u liječničkoj ordinaciji do trideset minuta nakon postupka ekscizije.
Nakon bilo kojeg postupka uklanjanja ganglija, pacijenti bi trebali izbjegavati svaku vrstu naporne tjelesne aktivnosti do četrdeset osam sati. Osim toga, treba izbjegavati bilo kakvu vrstu pokreta koji se ponavlja. Pacijentima koji su bili podvrgnuti operaciji ekscizije može biti teško pomicati zahvaćeno područje tijekom jednog do dva tjedna. U oba slučaja, potrebno je zakazati pregled kod liječnika kako bi se osiguralo pravilno izlječenje.
Ljudi koji imaju ponavljajuće ciste nakon ponovljenih pokušaja aspiracije možda će htjeti razmotriti eksciziju. Ako cista nije u potpunosti uklonjena tijekom aspiracije, može se ponovno pojaviti. Iako cista nije opasna po zdravlje, ova vrsta izraslina može smetati. Ciste se uglavnom javljaju zbog traume zgloba ili propadanja tkiva, iako je točan uzrok ganglijske ciste nepoznat.
Dok je ekscizija najučinkovitija vrsta uklanjanja ganglija, aspiracija je metoda koju bira većina ljudi. U oba slučaja, nije potrebno ukloniti ganglijsku cistu osim ako cista ne postane bolna ili izrazito ružna. Iako su sve ganglijske ciste benigne, svaku veliku formaciju kože treba temeljito pregledati medicinski stručnjak.