Uklanjanje medicinskog otpada zahtijeva posebnu pažnju zbog vrlo opasne prirode medicinskog i biomedicinskog otpada. Ove vrste otpada mogu uključivati opasne tekućine, krute tvari, kemikalije i oštre predmete. Medicinski otpad može potencijalno predstavljati ozbiljne zdravstvene i okolišne rizike ako se nepravilno odlaže. Postoji nekoliko ispravnih i relativno sigurnih metoda za uklanjanje i uništavanje biološki opasnih materijala, uključujući odvajanje u bojom usklađene, označene i zatvorene spremnike; sterilizacija parom; spaljivanje; i usitnjavanje.
Medicinski otpad prvenstveno nastaje na mjestima gdje se liječe i dijagnosticiraju bolesti ili gdje se rukuje mrtvim ljudima i životinjama. Tipična mjesta na kojima se redovito zahtijeva uklanjanje medicinskog otpada uključuju bolnice, ustanove za njegu hospicija, mrtvačnice, laboratorije i veterinarske urede. Ustanova će se često oslanjati na vanjske izvođače za odlaganje i upravljanje medicinskim otpadom, a ne pokušavati sami brinuti o njemu.
Većina metoda uklanjanja medicinskog otpada mora započeti u pogonima u kojima se proizvode. Obično postoje strogi postupci za početno zadržavanje različitih vrsta opasnih materijala, uglavnom uključujući njihovo odvajanje od drugih vrsta otpada. Igle i drugi oštri predmeti, na primjer, moraju se skupljati u posebno označene i obojene posude; isto vrijedi i za druge biološke opasnosti kao što su leševi, kemikalije, toksini i virusne kontaminacije. To ne samo da pomaže u odlaganju predmeta, već i sprječava unakrsnu kontaminaciju različitih oblika bioloških opasnosti.
Čišćenje i sterilizacija medicinske opreme za višekratnu upotrebu još je jedan oblik uklanjanja medicinskog otpada. Ovo su popularne metode i omogućuju sigurnu daljnju upotrebu skupe opreme. Metode čišćenja uključuju sterilizaciju mikrovalovima, parom i kemijsko čišćenje. Ljudska se krv, na primjer, općenito može izliti u običnu kanalizaciju nakon što je sterilizirana parom.
Jednom sakupljen, često je potrebno uništiti medicinski otpad kako se ne bi mogao vratiti u okoliš. Spaljivanje je popularna metoda uništavanja medicinskog otpada, gdje se on dovodi na ekstremno visoke temperature i detoksificira. Međutim, to se odnosi samo na određene vrste medicinskog otpada; spaljivanje nekih vrsta može u zrak unijeti druge opasne materije, poput žive ili dioksina. Slično, oštri predmeti se mogu rastopiti ili usitniti kako bi se smanjila mogućnost opasnijih situacija i ekoloških nesreća.
U mnogim zemljama uklanjanje opasnog otpada regulirano je od strane vlade radi opće sigurnosti i dobrobiti svojih građana. U Sjedinjenim Državama, na primjer, Agencija za zaštitu okoliša (EPA) uspostavlja propise i smjernice za sigurno uklanjanje, transport i uništavanje opasnog otpada. U Ujedinjenom Kraljevstvu takve smjernice daje Agencija za okoliš.