Aktivni ugljen se stoljećima koristi za liječenje medicinskih bolesti. Trenutačno se upotreba aktivnog ugljena razlikuje ovisno o tome hoće li ga odobriti liječnici ili praktičari alternativne medicine. Provedene su studije učinkovitosti tretmana aktivnim ugljenom, te su standardizirane doze za neke bolesti. Medicinski stručnjaci kažu da bi se ipak trebalo provesti više istraživanja kako bi se potvrdili dokazi njegove učinkovitosti kod drugih bolesti. Najšire prihvaćene upotrebe aktivnog ugljena su kao tretmani za trovanje i predoziranje.
Neki liječnici liječe odrasle oralnim dozama laksativa s aktivnim ugljenom kako bi brzo izbacili otrove iz tijela; bolesnike koji primaju ovaj tretman treba pažljivo pratiti zbog proljeva. Većina liječnika ne koristi laksative s drvenim ugljenom kod djece zbog rizika od poremećaja ravnoteže elektrolita. Aktivni ugljen nije protuotrov za sve predoziranja lijekovima, ali je učinkovit za kinin, karbamazepin i fenobarbitale, među ostalim lijekovima navedenim u medicinskoj dokumentaciji. Koristeći se kao protuotrov, aktivni ugljen upija organske kemikalije u želucu prije nego što se kemikalije mogu proširiti tijelom. Učinkovitost protuotrova, međutim, ovisi o količini unesenog otrova i brzini zaprimanja medicinske pomoći.
Praktičari alternativne medicine imaju druge namjene za aktivni ugljen; neki ga koriste kao opće sredstvo za detoksikaciju kada liječe rekreativnu upotrebu amfetamina i kokaina, ili čak kao lijek protiv mamurluka za korištenje alkohola. Osim toga, za one s nakupinama toksina u njihovim sustavima zbog izloženosti kemikalijama i otrovnim tvarima na poslu, praktičari koriste aktivni ugljen zajedno s posebnim dijetama i saunama za liječenje narušenog imunološkog sustava. Ostale upotrebe aktivnog ugljena uključuju borbu protiv patogena u krvi kao što su virusi, štetne bakterije i sistemske infekcije.
Nadalje, eksperimentalne medicinske upotrebe aktivnog ugljena ostaju kontroverzne. Jedna od ovih primjena ima za cilj smanjenje protoka žuči kod trudnica. Neki farmaceuti i klinički tehnolozi preporučuju njegovu upotrebu za smanjenje crijevnih plinova. Drugi zdravstveni stručnjaci čak vjeruju da bi aktivni ugljen mogao biti učinkovit u čišćenju krvi od kolesterola; dokazi su bili neuvjerljivi u ranim testovima ove upotrebe oralnog pripravka spoja.