Iako je primarna upotreba pantoprazola natrija u liječenju gastrointestinalnih ulkusa, istraživanja su pokazala da ima niz drugih učinkovitih upotreba. Drugi način na koji se lijek može koristiti je u liječenju gastroezofagelne refluksne bolesti, kao i erozivnog ezofagitisa, koji se javlja uglavnom kada se simptomi gastroezofagelne refluksne bolesti ne liječe. Osim toga, utvrđeno je da ovaj lijek pruža olakšanje onima koji pate od kroničnih bolesti povezanih s prekomjernom proizvodnjom želučane kiseline.
Jedna od najčešćih upotreba pantoprazola natrija je u liječenju gastrointestinalnih ulkusa. Utvrđeno je da je pantoprazol natrij učinkovit u liječenju ovog stanja zbog svoje sposobnosti da smanji želučanu kiselinu, čime se čirima omogućuje dulje vrijeme za cijeljenje. Osim toga, pokazalo se da je ovaj lijek učinkovit u prevenciji daljnjih čira na želucu, što ga čini izvrsnim izborom za pojedince koji se ne mogu podvrgnuti agresivnim oblicima liječenja ovog stanja.
Također se pokazalo da je pantoprazol natrij vrlo učinkovit u liječenju bakterijskih infekcija. Istraživanja su međutim pokazala da je lijek najučinkovitiji kada se koristi u liječenju infekcija povezanih s bakterijom Helicobacter pylori. U većini slučajeva, ove infekcije se javljaju u gastrointestinalnom traktu i prilično su ozbiljne ako se ne liječe. Često pacijenti kojima je propisan pantoprazol natrij za liječenje bakterijskih infekcija moraju uzimati i probiotike, kako bi se osiguralo pravilno funkcioniranje probavnog trakta.
Oni kojima je dijagnosticirana refluksna bolest gastroezofagela, inače poznata kao GERB, također mogu postići olakšanje upotrebom pantoprazol natrija. GERB je stanje u kojem se kiseline iz želuca refluksiraju u jednjak, uzrokujući žgaravicu i druge bolne simptome. Kada se ne liječi, GERB može dovesti do razvoja erozivnog ezofagitisa, što je stanje u kojem je sluznica jednjaka oštećena ponovnim izlaganjem želučanoj kiselini.
Također se pokazalo da je pantoprazol natrij učinkovit oblik liječenja za one koji pate od bolesti koje dovode do hiperprodukcije želučane kiseline. U većini slučajeva, oni koji koriste pantoprazol natrij u tu svrhu mogu ostati na lijeku dulje vrijeme, ako ne i cijeli život. Obično se ovim pacijentima daje vrlo mala doza lijeka, kako bi se spriječilo nakupljanje toksičnih tvari.