Pčelinji pelud je dobro poznati prirodni lijek i čest sastojak mnogih vrsta dodataka prehrani. Unatoč njegovoj popularnosti, neki zdravstveni djelatnici izrazili su skepticizam u pogledu njegove učinkovitosti, kao i zabrinutost zbog mogućih nuspojava pčelinjeg peludi. Dok su neke od ovih nuspojava, kao što su bol u trbuhu ili mučnina, relativno blage i lako se liječe, druge su ozbiljnije i zahtijevaju hitnu medicinsku pomoć, pa čak i hospitalizaciju. Najčešća nuspojava pčelinjeg peludi su alergijske reakcije koje karakteriziraju začepljen nos, oticanje lica i otežano disanje. Mnogi stručnjaci upozoravaju na korištenje pčelinjeg peludi tijekom trudnoće, jer se smatra stimulansom maternice koji može dovesti do pobačaja ili prijevremenog poroda.
Tvrtke koje prodaju dodatke prehrani sastavljene uglavnom ili djelomično od pčelinjeg peludi često tvrde da se pčelinji pelud može koristiti za osiguravanje energije, liječenje želučanih problema i desenzibilizaciju korisnika na uobičajene alergene kao što je ambrozija. Nijedna od ovih tvrdnji nije znanstveno dokazana, a u nekim slučajevima nuspojave pčelinjeg peludi identične su simptomima koje korisnik pokušava liječiti. Iako je teško dokazati ili opovrgnuti tvrdnje da pelud daje osobi veći osjećaj energije ili dobrobiti, zdravstveni djelatnici snažno su doveli u pitanje tvrdnje prodavača pčelinjeg peludi da pčelinji pelud može pomoći u prevenciji simptoma alergije. Prema skepticima, oralno uzimanje poznatog alergena u nadi da se desenzibilizira na slične alergene nije osobito učinkovito i može donijeti više štete nego koristi.
Iako su rijetki, anafilaktički šok, akutni hepatitis i zatajenje bubrega zabilježeni su kod ljudi koji koriste pčelinji pelud. Ako je pojedinac već svjestan da pati od alergije na pelud, oprez pri korištenju pčelinjeg peludi je vjerojatno dobra ideja, a osoba bi se trebala posavjetovati s liječnikom prije korištenja bilo kojeg lijeka koji uključuje pčelinji pelud. Budući da se pčelinji pelud tako često koristi u mnogim zdravstvenim proizvodima, uključujući prehrambene pločice, pića i losione, ljudi koji su zabrinuti zbog nuspojava pčelinjeg peludi dobro bi pročitali oznake sastojaka. Simptome alergijske reakcije na pčelinji pelud, kao što su svrbež grla, piskanje ili oteklina, potrebno je pomno pratiti. Ako postanu jake ili osoba koja pati od nuspojava pčelinjeg peludi ima poznate alergije, treba odmah potražiti hitnu liječničku pomoć.