Alternativni lijekovi za liječenje štitnjače dostupni su za hipotireozu ili nedovoljno aktivnu štitnjaču i rjeđe hipertireozu ili preaktivnu štitnjaču. Poremećaji štitnjače često se liječe vitaminskom i nutritivnom terapijom u kombinaciji s promjenom prehrane. Kiropraktika, akupunktura i herbalizam neke su druge vrste alternativne medicine štitnjače. Tradicionalna kineska medicina je još jedan pristup koji je bio učinkovit za neke koji pate od problema sa štitnjačom.
Kada živci odgovorni za stvaranje hormona štitnjače tiroksina i trijodtironina ne funkcioniraju ispravno, moguće je da dođe do poremećaja štitnjače. Ovi hormoni kontroliraju brzinu metabolizma. Kiropraktičke prilagodbe mogu smanjiti pritisak na stisnute živce koji mogu uzrokovati neaktivnu štitnjaču. Oslobađanje pritiska na te živce može poboljšati njihovu sposobnost prijenosa električnih signala, a povećana funkcija živaca može potaknuti štitnjaču da proizvodi zdrave razine hormona štitnjače.
Studije su pokazale da akupunktura može smanjiti simptome hipotireoze. Vjeruje se da ubijanje igala u akupunkturne točke na tijelu povećava proizvodnju hormona štitnjače. Čak i ako se proizvodnja hormona ne poveća, akupunktura je jedna od metoda alternativne medicine štitnjače koja može smanjiti simptome hipotireoze. Ovi simptomi uključuju pospanost, depresiju i zatvor.
Ponekad dodavanje ili uklanjanje određene hrane može smanjiti simptome problema sa štitnjačom. Dodavanje hrane bogate proteinima, magnezijem i kalcijem u prehranu može promicati zdravu funkciju štitnjače. Kelp, vrsta morske alge poznate po visokom sadržaju joda, izvrstan je dodatak prehrani za osobe koje pate od hipotireoze. Također je poznato da kokosovo ulje poboljšava rad štitnjače.
Jod je vitalan za zdravu štitnjaču jer je jod neophodan za proizvodnju hormona. Uklanjanje hrane koja blokira apsorpciju joda je pristup koji može poboljšati funkciju štitnjače. Neke od tih namirnica su soja, kikiriki i povrće iz roda Crucifera, kao što su prokulice, kupus i cvjetača. Međutim, ove namirnice ne moraju biti potpuno eliminirane iz prehrane. Kuhanje najmanje sedam minuta dovoljno je da se sastojci ove hrane koji blokiraju jod učine neaktivnim.
Razne biljke imaju povijest pomoći kod problema sa štitnjačom. Travari koji slijede zapadnjačku biljnu tradiciju često preporučuju đumbir, palmetu i sladić. S druge strane, praktičari tradicionalne kineske medicine češće će prepisivati astragalus, cimet i ginseng. Disfunkcija štitnjače može biti iznimno ozbiljna, pa se osoba koja sumnja na problem sa štitnjačom uvijek treba konzultirati s liječnikom prije nego što pokuša alternativnu medicinu štitnjače.