Gnoj često nastaje kao posljedica infekcije i obično se sastoji od mrtvih bijelih krvnih stanica, ostataka drugih oštećenih stanica i tkiva te bakterija. Stanice zvane neutrofili mogu ubiti napadače, ali često bivaju ubijene u tom procesu; bakterije u gnoju se stoga ponekad nazivaju piogenim. To su često koki, koji su sferni organizmi s debelim staničnim stijenkama, a uključuju različite vrste Staphylococcus i Streptococcus. Bakterije Staphylococcus epidermidis obično žive na koži i ponekad sprječavaju gljivične infekcije. Oni rijetko uzrokuju bolesti, ali aureus se često nalazi u ranama, čirevima i prištićima.
Bakterije u gnoju mogu biti organizmi koji uzrokuju strep grlo i tonzilitis. Streptokoki se mogu vidjeti u mnogim kožnim infekcijama. Oni su općenito sposobni uzrokovati gnojne infekcije, koje dovode do stvaranja gnoja. Neke infekcije koje pokreću ovu reakciju mogu dovesti do bolesti poput reumatske groznice ili bakterije mogu otpustiti toksine koji uzrokuju šok ili šarlah. Hoće li bakterija uzrokovati bolest ili je bezopasna ovisi o njezinoj genetici, kemiji i strukturnom sastavu.
Streptococcus pneumoniae je organizam koji obično izaziva bakterijsku upalu pluća, a može biti prisutan i kod infekcija srednjeg uha. Ove bakterije u gnoju ponekad imaju vanjsku ljusku koja sprječava stanice imunološkog sustava da ih progutaju i ubiju. Inkapsulirani oblici mogu nekoga razboljeti, ali kada bakterija nije inkapsulirana, obično je mogu ukloniti krvne stanice. Ovaj tip se može nazvati nevirulentnim jer obično ne uzrokuje bolest.
Druge vrste bakterija u gnoju uključuju Neisseriae, koje mogu izazvati meningitis i gonoreju. Mnogi od ovih tipova normalno žive u sluznicama tijela, ali nekoliko vrsta može biti opasno, pa čak i smrtonosno. Boja gnoja može varirati od žute do bjelkasto-žute, do žuto-smeđe, ovisno o vrsti bakterija i drugog prisutnog staničnog materijala. Neke bakterije imaju pigmente koji uzrokuju da gnoj postane plavo-zelen, a neke bijele krvne stanice mogu otpuštati proteine koji ubijaju organizme dodajući izrazitu zelenu boju.
Bakterije u gnoju su obično patogeni. Gnoj se može formirati na koži, kao i unutar tijela. Pregledavanjem unutarnje strane abdomena, kirurzi mogu vidjeti infekcije organa kao što su jetra ili gušterača. Druge bakterije mogu zaraziti urinarni trakt ili čak pluća. Općenito, bakterije mogu zaraziti osobu kroz bilo koju posjekotinu na koži, a gnoj često ometa proces ozdravljenja; šok, gangrena ili infekcije limfnih čvorova ponekad su posljedica.