Medicinska struka koristi endoskopsku opremu za pregled unutarnje tjelesne šupljine ili organa pomoću alata koji se zove endoskop, koji se ubacuje kroz prirodni otvor ili mali kirurški otvor. Ovi medicinski uređaji za snimanje koriste se dijagnostički, tijekom operacije i kao alat za poboljšanje tečajeva anatomije. Dvije glavne kategorije opreme za endoskopiju su kruti i fleksibilni endoskopi. Specifični endoskopi su imenovani za dijelove tijela koji se promatraju. Kolonoskop se koristi za pregled debelog crijeva, ezofagoskop za pregled jednjaka i antroskop za pregled unutrašnjosti zgloba.
Kruti endoskopi pružaju slike najbolje rezolucije. Izrađene su od čvrste metalne cijevi pomoću leća za snimanje i optičkih vlakana za osvjetljenje. Kruti endoskopi se ne savijaju i koriste se za promatranje dijelova tijela koji su dostupni krutom dijelu opreme. Ova vrsta endoskopske opreme koristi se za pregled zglobova, nekih ženskih reproduktivnih organa te uha, nosa i grla. Kolonoskopi su još jedan primjer ove vrste opreme za endoskopiju.
Fleksibilni endoskopi omogućuju pregled unutarnjih dijelova tijela koji nisu dostupni pomoću krutog endoskopa. Optika, koristeći snopove staklenih ili plastičnih vlakana, zauzima mjesto leća. Optička jasnoća i razlučivost ovise o vrsti korištenog vlakna; najkvalitetnije slike općenito daju spojena kvarcna vlakna. Bronhoskopi koji se koriste za pregled unutrašnjosti dušnika i bronha primjer su fleksibilnog endoskopa.
Laparoskopi su vrsta endoskopske opreme koja se prvenstveno koristi tijekom abdominalne kirurgije. Korištenje laparoskopa učinilo je mnoge kirurške zahvate manje invazivnima. Ovaj alat se ne koristi samo za osvjetljavanje i pregled organa, već može biti opremljen i alatima koji pomažu u operaciji. Jedna vrsta operacije za smanjenje veličine želuca koristi laparoskop za postavljanje trake oko dijela želuca. Cistoskop je kirurški endoskopski alat sličan laparoskopu koji se koristi za uklanjanje polipa mokraćnog mjehura putem urinarnog trakta.
Endoskopija kapsule koristi sićušnu kameru smještenu unutar kapsule koja nije veća od pilule. To pacijent proguta, a minijaturna kamera snima slike gastrointestinalnog trakta do kojih se ne može doći drugom opremom za endoskopiju. Kapsula se može voditi pomoću joysticka i magnetskog polja dok bežično prenosi slike. Ova vrsta endoskopije prvenstveno se izvodi za pregled tankih crijeva, područja probavnog trakta između želuca i debelog crijeva, koje je nedostupno gornjom endoskopom ili kolonoskopom.
Svi endoskopi za medicinsku uporabu su zapečaćeni kako bi se osigurala sterilizacija. Veterinari koriste endoskopsku opremu za medicinske zahvate na isti način na koji liječnici rade za ljudske pacijente. Industrijski endoskopi, poznati kao boreskopi, koriste sličnu tehnologiju kao oprema za medicinsku endoskopiju, ali nisu proizvedeni da izdrže postupke sterilizacije. Napredak u laparoskopskoj optici, rasvjeti, prikazu slika i drugim značajkama nastavlja se kako se razvijaju neinvazivniji trendovi u dijagnostici i kirurgiji.