Intolerancija na proteine, ili nemogućnost tijela da probavi proteine koji se nalaze u mlijeku, proizvodima od soje, mesu i žitaricama, obično se pojavljuje u ranom životu, iako se mnogim pacijentima dijagnosticira tek u odrasloj dobi. Dok se intolerancija na proteine često miješa s alergijom, jer se mnogi simptomi javljaju kao alergijska reakcija, ona je zapravo rezultat određenih proteina koji uzrokuju oštećenje probavnog trakta. Postoje četiri poznate intolerancije na proteine: intolerancija na kravlje mlijeko, intolerancija na soju, celijakiju i netoleranciju na lizinu.
Od rođenja, gotovo svi ljudi ne podnose proteine kravljeg mlijeka, zbog čega liječnici i medicinske organizacije jako obeshrabruju uvođenje kravljeg mlijeka djeci mlađoj od 1 godine. kravljeg mlijeka, sirutke i kazeina. Umjesto toga, rađaju se i trebaju samo male količine proteina koje se nalaze u ljudskom majčinom mlijeku. Dok većina djece prerasta ovu netoleranciju kako njihov probavni trakt sazrijeva, mnoga to ne čine i zahtijevaju doživotnu dijetu ograničene konzumacije proizvoda od kravljeg mlijeka.
Intolerancija na soju, iako se može razviti sama, obično je uzrokovana netolerancijom na kravlje mlijeko. Većina formula za dojenčad je na bazi kravljeg mlijeka. Kada se intolerancija na kravlje mlijeko dijagnosticira u dojenačkoj dobi, umjesto nje često se koristi formula na bazi soje. Nedavna istraživanja su pokazala da rano uvođenje proizvoda od soje, obično prije 6 mjeseci starosti, može uzrokovati netoleranciju na soju. Ova vrsta netolerancije na proteine uzrokuje oštećenje probavnog trakta kada se unose protein soje, ometajući količinu vitamina koju tijelo može apsorbirati.
Celijakija, koja je sve češća, je nemogućnost organizma da probavi proteine glutena koji se nalaze u pšenici, ječmu i raži. Unošenje ovih proteina u probavni trakt uzrokuje trajno oštećenje tankog crijeva, što dovodi do pothranjenosti, manjka vitamina, proljeva i jakih bolova u trbuhu. Celijakija je genetska i neizlječiva, a liječenje uključuje doživotnu ograničenu prehranu.
Netolerancija na lizinu iznimno je rijedak genetski problem zbog kojeg tijelo ne može probaviti bilo koju vrstu proteina, bez obzira na vrstu. Kao i sve netolerancije na proteine, netolerancija lizinura uzrokuje oštećenje tankog crijeva i zahtijeva dijetu s ograničenom količinom proteina. Ako se ne liječi, netolerancija lizinura može dovesti do kome.
Intolerancija na proteine pogađa ljude diljem svijeta i može biti prisutna od rođenja. Dok su proteini esencijalni nutrijent za ljudsko tijelo, previše pogrešne vrste može dovesti do toga da dijete ili odrasla osoba inače normalnog zdravlja razviju netoleranciju, uzrokujući nekoliko probavnih i cjelokupnih zdravstvenih problema. Dok su kravlje mlijeko, proizvodi od soje i gluten najčešći krivci, tijelo može imati poteškoća s probavom bilo koje vrste proteina.