Kondicioniranje izdržljivosti može pomoći sportašu da izgradi i održi izdržljivost, kao i dugoročne performanse mišića za njegov ili njezin određeni sport. To je uobičajeno u sportovima koji zahtijevaju od sudionika da trče ili se na drugi način kreću dulje vrijeme, ili da zadrže napregnute položaje tijekom dugog vremenskog razdoblja. Kondicioniranje izdržljivosti obično počinje intervalnim treningom, što znači da će sportaš sudjelovati u kratkim do srednjim naletima intenzivne aktivnosti s kratkim odmorima između. Ova vrsta treninga uči mišiće, pluća i srce da budu spremni za intenzivne napore bez oštećenja.
Kratke aktivnosti visokog intenziteta zajedno sa srednjim do dugim odmorima pomažu u razvoju brzine kao i brzinske izdržljivosti. Ova kondicija je korisna za trkače na duge staze, sprintere i sudionike u sportovima poput hokeja na ledu ili nogometa. Takvo kondicioniranje izdržljivosti rezultira manjim nakupljanjem mliječne kiseline, ali nema stvarnog poboljšanja VO2 max. Dulja razdoblja odmora omogućuju mišićima da se na odgovarajući način oporave, čuvajući ih za još jedan napad intenzivne tjelesne aktivnosti.
Za kondicioniranje aerobne izdržljivosti vrijedi suprotno. Kraća razdoblja odmora između intenzivne tjelesne aktivnosti mogu poboljšati VO2 max, odnosno maksimalnu količinu kisika koju tijelo može iskoristiti tijekom intenzivne tjelesne aktivnosti. VO2 max je važan za trajne tjelesne aktivnosti kao što su trčanje na duge udaljenosti ili biciklizam, a važno je i trenirati tijelo da uzima više kisika koji može doći do mišića kako bi se poboljšala izvedba.
Programi za kondicioniranje izdržljivosti razlikuju se od sporta do sporta, i od ciljeva jednog sportaša do ciljeva drugog. Sportaši koji sudjeluju u sportovima kao što je tenis će sudjelovati u kondiciji koja naglašava sprint, bočnu brzinu i trajne pokrete mišića. Takav program može uključivati trčanje preko teretane ili teniskog terena gotovo punom brzinom, zatim lagano trčanje minutu ili dvije prije nego što ponovite postupak. Plivač može plivati dva intenzivna, brza kruga, zatim se odmoriti i plivati polako jedan do dva kruga kako bi izgradio izdržljivost u ramenima, rukama, leđima i nogama. Biciklisti obično pronađu dugačko brdo za uspon; penjat će se punom ili skoro punom brzinom nekoliko minuta, zatim se odmarati minutu, a zatim ponoviti.
Prag laktata također može utjecati na izdržljivost, pa je trening za laktatni prag uobičajen za kondicioniranje izdržljivosti. Prag laktata je u biti količina vježbe koju sportaš može napraviti prije nego što razina laktata postane previsoka da bi mišići mogli učinkovito funkcionirati. Grčevi i zategnutost dan nakon fizičke aktivnosti znakovi su nakupljanja laktata, a određene rutine vježbanja osmišljene su za povećanje laktatnog praga sportaša kako bi on ili ona mogli nastaviti koristiti mišiće što je duže moguće prije grčeva, ukočenosti ili trganja javlja se.