Autoimune bolesti čine da imunološki sustav tijela napada zdrave stanice i tkiva koja se pogrešno smatraju bolesnim ili štetnim stanicama. Postoji mnogo različitih tipova autoimunih bolesti i često zahtijevaju različite metode liječenja. Koji dijelovi tijela su zahvaćeni bolešću pomažu liječnicima da odrede koji bi pristupi liječenju bili najbolji. Najčešće zahvaćeni dijelovi tijela su štitnjača, gušterača, mišići, koža, krvne žile i zglobovi. Liječenje autoimunih bolesti može uključivati imunosupresivne lijekove, hormone, suplemente, transfuziju krvi i fizikalnu terapiju.
Imunosupresivni lijekovi se koriste u mnogim planovima liječenja autoimunih bolesti. Ovi lijekovi smanjuju napade imunološkog sustava na organe, zglobove, mišiće i druga tkiva. Imunosupresivni lijekovi mogu uzrokovati ozbiljne nuspojave kod nekih pacijenata pa ih treba uzimati točno onako kako je propisano, a bolesnike koji uzimaju te lijekove liječnici trebaju pažljivo pratiti zbog znakova problema s bubrezima ili jetrom. Pacijenti koji uzimaju imunosupresivne lijekove za liječenje autoimunih bolesti mogu biti skloniji ozbiljnim infekcijama, stoga bi trebali poduzeti mjere opreza kako bi ostali zdravi i posjetili liječnika ako se razbole ili razviju inficiranu ranu.
Hormoni i suplementi mogu pomoći nadomjestiti nedostatke zbog autoimune bolesti. Ovisno o vrsti bolesti, pacijenti mogu trebati dodatak štitnjači, injekcije inzulina ili vitaminske dodatke kao dio liječenja autoimunih bolesti. Pacijenti s autoimunim bolestima ne bi trebali uzimati nikakve dodatke, biljke ili vitamine osim ako im to ne preporuče liječnici, jer te tvari mogu promijeniti funkciju organa i način na koji funkcionira imunološki sustav.
Pacijenti s dijagnozom autoimune bolesti koja utječe na krv možda će morati podvrgnuti redovitim transfuzijama krvi. Neke bolesti uzrokuju da imunološki sustav napada tjelesna crvena krvna zrnca koja prenose kisik po cijelom tijelu. Transfuzije krvi mogu uzrokovati komplikacije, uključujući prijenos bolesti koje se prenose krvlju, alergijske reakcije i nakupljanje željeza, što može oštetiti jetru i srce. Kelacijska terapija, koja uklanja višak željeza, može biti potrebna zajedno s transfuzijama krvi za liječenje autoimunih bolesti kod nekih pacijenata.
Fizikalna terapija može pomoći u smanjenju boli i oteklina te povećati pokretljivost kod pacijenata s bolestima koje utječu na mišiće i zglobove. Nesteroidni protuupalni lijekovi, kao što su ibuprofen i naproksen, također mogu pomoći u smanjenju upale povezane s napadima imunološkog sustava na ta meka tkiva. Mnogi pacijenti s autoimunim bolestima moraju posjetiti liječnike koji su specijalizirani za određeno područje tijela radi liječenja, kao što su reumatolozi za zglobove i mišiće ili endokrinolozi za autoimune bolesti štitnjače i gušterače.