Tipično liječenje toksoplazmoze je šestotjedni tečaj antimalarijskih lijekova i antibiotika, a različiti tretmani samo uključuju različite lijekove. Većina ljudi koji imaju zdrav imunološki sustav ne znaju da su zaraženi toksoplazmozom jer infekcija ne uzrokuje nikakve simptome bolesti. Ako se osoba razboli od toksoplazmoze, ona će razviti simptome slične gripi. Trudnice su pod većim rizikom od razvoja simptoma toksoplazmoze i trebaju se testirati kada se sumnja na infekciju. Kongenitalna toksoplazmoza može rezultirati komplikacijama za nerođenu bebu, pa će buduća majka obično početi uzimati antibiotike.
Koje će liječenje toksoplazmoze biti propisano ovisi o tome je li infekcija akutna ili latentna. Obje vrste zahtijevaju korištenje antimalarika i antibiotika kako bi se uništio patogen koji je odgovoran za izazivanje infekcije. Akutna toksoplazmoza odnosi se na novu infekciju i obično se liječi kombinacijom pirmetamina i sulfadiazina. Trudnice se liječe antibiotikom koji se zove spirmicin, a upotreba ovog antibiotika pomaže spriječiti infekciju da dođe do djeteta u maternici. Nakon što se beba rodi, mogu se napraviti pretrage kako bi se utvrdilo ima li aktivnu infekciju, a ako je beba pozitivan, počet će trotjedni ciklus pirmetamina i sulfadiazina.
Antimalarijski pirmetamin može narasti do toksičnih razina u krvi kada se uzima u velikim količinama tijekom duljeg vremenskog razdoblja, pa se većini ljudi propisuje folinska kiselina kako bi se spriječila toksičnost krvi. Pirmetamin također može blokirati apsorpciju folne kiseline i drugih vitamina B, pa će liječnici prepisati istu folinsku kiselinu koja se uzima za sprječavanje toksičnosti kako bi se nadomjestila razina folne kiseline u tijelu. Često su potrebne dvije runde ovih lijekova, uz dvotjedni odmor od lijekova između faza liječenja. Režim liječenja toksoplazmoze je gotovo univerzalan za sve pacijente i obično je učinkovit u eliminaciji infekcije.
Liječenje toksoplazmoze može trajati čak 12 tjedana uzimanja lijekova. Ako je infekcija rezistentna na standardne lijekove protiv malarije i antibiotike, postaje latentna infekcija i potrebno je daljnje liječenje. Ti se lijekovi ponekad propisuju imunosupresiranim pacijentima kao prva linija liječenja toksoplazmoze. Atovaquone i klindamicin su dva antibiotika koji se koriste za ubijanje cista toksoplazmoze kada drugi antibiotici ne uspiju. Liječnici su u stanju uspješno liječiti toksoplazmozu većinu vremena bez ikakvih trajnih posljedica, ali neke bebe koje su zaražene prije rođenja mogu se roditi s blagim komplikacijama koje su posljedica infekcije.