Među raznim zadacima koji se rješavaju pomoću Linux alata su nadzor sustava, konfiguracija i kontrola mreže, administracija sustava, upravljanje softverom, instalacija sustava, sigurnost, razvoj softvera i ispis. Linux alati mogu biti dostupni unutar grafičkog korisničkog sučelja (GUI), unutar ljuske ili unutar bilo kojeg okruženja. Također se razlikuju po tome što su neki alati specifični za određene distribucije. Na primjer, anaconda, instalacijski alat napisan u programskom jeziku python, često koriste novi korisnici distribucije Fedora koji instaliraju operativni sustav dizanjem s instalacijskih kompaktnih diskova (CD-ova) ili digitalnog svestranog diska (DVD).
Linux alati za praćenje sustava koriste se za izvršavanje zadataka kao što su prikaz slobodne i iskorištene sistemske memorije u kilobajtima i izvješćivanje o procesima i aktivnosti središnje procesorske jedinice (CPU). Baš kao što su neki Linux alati specifični za distribuciju, oni također mogu biti specifični za određeno desktop okruženje. Većina distribucija dolazi s raznim paketima alata za konfiguraciju, upravljanje, kontrolu i praćenje brojnih hardverskih uređaja, softverskih paketa i procesa, što je važno za sigurnost i stabilnost sustava. Alati za mrežnu konfiguraciju koriste se za konfiguriranje i kontrolu novog hardvera kao što je kartica mrežnog sučelja (NIC), za povezivanje s bežičnom mrežom, pa čak i za rješavanje problema s mrežnom vezom.
Alati za administraciju sustava koriste se za postavljanje funkcionalnosti za zvuk, konfiguriranje pokretača, promjenu datuma i vremena sustava, ažuriranje operativnog sustava, upravljanje logičkim volumenima, upravljanje korisnicima sustava i upravljanje grupama, između ostalih zadataka. Upravljanje softverom upravlja se pomoću Linux alata kao što su modificirani Yellowdog updater (YUM) i Red hat package manager (RPM). Ovo su alati naredbenog retka. Mnoge distribucije također nude GUI alate za upravljanje softverom, što uključuje instalaciju, modificiranje i uklanjanje paketa.
Razvoj i modifikacija softvera mogu se lakše postići korištenjem Linux alata kao što su prevodioci za programski jezik C/C++ i Iced Tea za kodiranje u JAVA kako bi se omogućila kompilacija i izvođenje programa u virtualnom stroju. Sigurnost se može poboljšati korištenjem alata za konfiguraciju vatrozida, poboljšane sigurnosti (SE) Linuxa i lozinki za pokretanje. Uobičajeni UNIX sustav ispisa (CUPS) je alat koji se koristi za konfiguriranje i kontrolu lokalnih i umreženih pisača, kao i reda za ispis. Iako su mnogi Linux alati grafički, neki vrlo važni su samo za naredbeni redak, a čak i oni koji su grafički možda neće biti potpuno funkcionalni u GUI-ju.