Mikroskopi se koriste kako u učionicama tako i pri izradi važnih procjena u medicinskim laboratorijima i drugim mikrotehnologijama. Različiti tipovi dizajnirani su za te različite namjene i stoga će se razlikovati ovisno o njihovoj razlučivosti, povećanju, dubini polja, vidnom polju, metodi osvjetljenja, stupnju automatizacije i vrsti slike koju proizvode. U osnovi postoje tri kategorije mikroskopa: elektronski, konfokalni i spojeni.
Elektronski mikroskopi su iznimno sofisticirani uređaji za povećanje. Oni se koriste u arheologiji, medicini i geologiji za gledanje površina i slojeva predmeta kao što su organi i stijene. Umjesto da koriste svjetlost, ovi uređaji usmjeravaju struju elektrona na uzorak, a priključena računala analiziraju kako su elektroni raspršeni materijalom. Uzorak mora biti suspendiran unutar vakuumske komore.
Uz transmisijske elektronske mikroskope, znanstvenik dobiva pogled na 2-D kriške objekta na različitim dubinama. Naravno, kod tako moćnih instrumenata i stupanj povećanja i razlučivost, odnosno oštrina slike, vrlo su visoki. Skenirajući elektronski mikroskopi se malo razlikuju po tome što skeniraju pozlaćeni uzorak kako bi dali 3-D prikaz površine predmeta. Ovaj pogled je crno-bijeli, ali daje nevjerojatnu sliku, na primjer, sitnih brežuljaka i dolina kosti dinosaura.
Konfokalni mikroskop je korak dalje u odnosu na prethodne vrste. Koristi lasersku zraku za osvjetljavanje uzorka, čija se slika zatim digitalno poboljšava za gledanje na monitoru računala. Uzorak je često obojen svijetlom bojom pa laser daje kontrastniju sliku. Montira se na staklo kao u srednjoj školi biologije. Ovi se uređaji kontroliraju automatski, a motorizirana zrcala pomažu pri automatskom fokusu.
Najjednostavniji tipovi nalaze se u učionicama diljem svijeta: složeni mikroskopi. Oni se u potpunosti upravljaju ručno i koriste uobičajeno ambijentalno svjetlo od sunca ili žarulju za osvjetljavanje uzorka. Što god korisnik želi pogledati, postavljeno je između dva staklena dijapozitiva i pričvršćeno ispod glavne leće, a on koristi kotačić za fokusiranje slike. Ovi alati koriste jednostavnu seriju povećala i zrcala kako bi sliku doveli do okulara, slično kao teleskop.
U biologiji se najčešće koriste složeni mikroskopi. Oni daju 2-D krišku objekta, ali mogu postići dovoljno veliko povećanje da vide dijelove eukariotskih stanica, pramen kose ili šljam iz ribnjaka. Nažalost, nemaju izvrsnu rezoluciju pa slika može biti mutna. Stereoskopski mikroskopi, kao što naziv implicira, daju 3-D sliku podijeljenih predmeta, poput mišićnog tkiva ili organa. U ovom slučaju, povećanje je slabo, pa gledatelj ne može razaznati zasebne ćelije, ali je razlučivost znatno poboljšana.