Postoje mnoge vrste muffina bez glutena za one koji vole muffine, ali imaju alergiju na gluten, celijakiju ili netoleranciju na gluten. Gluten je protein koji se nalazi u nekim žitaricama, a povremeno i u sastojcima za pečenje, pa se muffini bez glutena prave s modifikacijama kako bi se sastojci zamijenili ovim proteinom. Ovi muffini mogu biti slatki ili slani, s mnogo različitih sastojaka i okusa. Mnoge opcije dolaze u unaprijed zapakiranim spremnicima, svježe iz pekara ili kao recepti za izradu kod kuće.
Slatki muffini bez glutena uključuju one s čokoladom ili one s voćem. Popularni primjeri uključuju čokoladne muffine bez glutena ili muffine s borovnicama bez glutena. Mnoge od ovih opcija mogu se naći već pomiješane u specijaliziranim odjeljcima nekih trgovina. Postoje i druge sorte koje istražuju različite kombinacije voća.
Muffini bez glutena od slanih sorti se ne nalaze tako često u prethodno zapakiranim spremnicima. Međutim, kako se svijest o netoleranciji na gluten i alergijama povećava, to se može promijeniti. Primjeri slanih muffina uključuju miso od bundeve ili muffine od mrkve i luka. Slani muffini također mogu uključivati ili se poslužiti sa sirom.
Kulturološki se za muffine u SAD-u često misli da su u obliku velikog kolačića. Jedna od varijacija ovog oblika je engleski muffin bez glutena. Engleski muffini su ravni, a mogu biti slani ili slatki, ovisno o sastojcima i namazu. Engleski muffini bez glutena mogu se kupiti već zapakirani ili se mogu napraviti kod kuće po receptu.
Neke pekare sada nude muffine bez glutena za one koji imaju malo vremena ili averziju prema kuhanju. Pekare bez glutena nude razne recepte slatkih i slanih varijanti. Ove pekare rade i u fizičkim objektima i na mreži, za one koji nemaju pristup sadržajima bez glutena.
Recepti bez glutena općenito zamjenjuju tradicionalno pšenično brašno. Zamjene za brašno mogu se kupiti u gotovim pakiranjima. Druga opcija za izradu muffina bez glutena je zamjena pšeničnog brašna drugim brašnom koje ne sadrži gluten. Primjeri ovih alternativa brašnu uključuju kokosovo brašno, brašno od badema i smeđe rižino brašno, iako dodaju različite okuse i često ih je potrebno kombinirati s nekom vrstom vezivnog sredstva, kao što je ksantan guma.
Soda bikarbona i prašak za pecivo povremeno uključuju gluten, pa je potrebno poduzeti posebne mjere opreza pri korištenju ovih sastojaka za izradu muffina bez glutena. Neke sode bikarbone i prašci sada pokazuju jesu li ili ne bez glutena, dok neki nemaju indikaciju. Brzo istraživanje obično može pomoći identificirati najbolju opciju za sodu bikarbonu i prašak bez glutena prije kuhanja.