Muffini od cjelovitih žitarica uključuju niz različitih cjelovitih žitarica, poput pšenice ili zobi, dok sadrže dodatke sastojaka poput voća, pasirane bundeve, čokolade ili grožđica. Muffini za doručak napravljeni od cjelovitih žitarica obično sadrže valjanu zob i neko vrijeme pire od voća, poput banana ili jagoda. Različite vrste cjelovitih žitarica koje se koriste su raž, ječam i sirak, kao i heljda, kvinoja i druge vrste cjelovitih žitarica bez glutena. Budući da se muffini od cjelovitih žitarica obično smatraju zdravijom alternativom svojim kolegama od bijelog brašna, nutricionisti i liječnici promoviraju mnoge muffine napravljene od cjelovitih žitarica zbog njihovog sadržaja vlakana.
Muffini napravljeni od cjelovitih žitarica često koriste integralno pšenično brašno kao glavni osnovni sastojak, dodajući razne sastojke kao što su suho ili svježe voće i začini. Muffini od cjelovitih žitarica od bundeve obično se rade od pšeničnog brašna, kao i pasirane bundeve, cimeta i đumbira, a često se pripremaju tijekom jesenskih mjeseci. Bezglutenske verzije muffina od bundeve i dalje mogu koristiti cjelovite žitarice, zamjenjujući pšenično brašno za obrok ili brašno bez glutena. Brašno od kvinoje i brašno od sirka dva su primjera brašna od cjelovitog zrna koji se lako mogu koristiti u bilo kojem receptu za muffine bez glutena.
Popularni su i muffini od cjelovitog zrna jabuke, koji obično sadrže svježe kriške jabuke, cimet i muškatni oraščić, kao i preljev od mrvica od smeđeg šećera. Ovaj se muffin može poslužiti uz kavu ili čaj, a također je popularan pečeni proizvod koji se konzumira tijekom doručka ili između obroka za međuobrok. Muffini s orašastim plodovima banane obično se rade od cjelovitih žitarica, poput valjane zobi i integralnog pšeničnog brašna, a vrlo su uobičajeni kao muffini za doručak sa svojom slatkom i zasitnom teksturom. U većini slučajeva većina muffina od cjelovitih žitarica ne sadrži glazuru poput cupcakesa i gušće su, što ih čini savršenima kao zamjena za obrok.
Muffini s borovnicama napravljeni od cjelovitih žitarica općenito koriste cijelo brašno od cjelovitog zrna ili brašno bez glutena, zajedno s tamnosmeđim šećerom i svježim ili smrznutim borovnicama. Ove vrste muffina popularne su kao grickalice i obično se rade u toplim, ljetnim mjesecima. Budući da cjelovite žitarice sadrže značajnu količinu vlakana i drugih nutrijenata, većina nutricionista preporučuje muffine od cjelovitih žitarica umjesto svojih kolega od bijelog brašna. Iako se smatraju zdravijim, muffini napravljeni od cjelovitih žitarica još uvijek mogu sadržavati veliku količinu šećera, zbog čega je važno promatrati sadržaj šećera i konzumirati ih umjereno.