Uobičajene mutacije papagaja nalaze se u bojanju, prugama i šarama na ptici. Rjeđe mutacije uključuju greben na vrhu glave papagaja ili crne pruge preko cijelog lica. Papagaji mogu imati jednu mutaciju ili više, što čini dugi popis mogućih varijacija u izgledu papagaja.
U svom prirodnom staništu, papagaji imaju osnovnu boju zelene boje. U zatočeništvu uzgajivači uzgajaju papagaje s mnogo različitih boja i oznaka. Oni koji se uzgajaju u zatočeništvu i prodaju se kao kućni ljubimci često su živo obojeni papagaji ili papagaji.
Bijela i žuta su dvije glavne osnove boja za papagaje papagaja. Osnovna boja se obično identificira u boji između crnih pruga na glavi ptice ili u perju oko kljuna i očiju. Mutacije uzrokuju intenzitet i nijansu boje papagaja. Papigaji na bijeloj bazi često su pomiješani s nijansama blijedoplave, tamnoplave i ljubičaste na svom tijelu. Papigaji na bazi žute boje imaju nijanse žute, blijedozelene, maslinaste ili tamnozelene.
Druge mutacije papagaja nalaze se u prugama. Jedna vrsta prugaste mutacije zove se cimet. Ova mutacija čini pruge na krilima i glavi smećkaste boje umjesto crne. Tijelo papagaja također će ponekad imati dašak boje cimeta.
Opaline spangle i double-factor spangle također su primjeri prugastih mutacija. Karakteristike opaline mutacije su tanje crne pruge i deblja bijela područja na stražnjoj strani glave. Mutacija sjaja znači da su obično crni vrhovi perja bijeli. Dvostruke mutacije blještavila mogu uzrokovati da papagaj bude žut ili bijeli.
Mutacije papagaja koje se pojavljuju kao veći uzorci nazivaju se pied. U pied mutacijama, čvrsta osnovna boja nalazi se na područjima koja inače imaju oznake. Ova čvrsta područja također su poznata kao bistro perje.
Papagaj s dominantnom mutacijom pied će imati jednobojnu boju u područjima glave ili krila koja inače imaju crne oznake. Drugi primjer je recesivna mutacija papagaja. Ova vrsta mutacije ima jednobojno perje posvuda osim u donjem dijelu leđa između krila i neposredno iznad repa. Treći tip mutacije papagaja u obliku papagaja zove se clearflight, što znači da papagaj ima jasnu ili jednobojnu boju na svom perju.
Neke od rjeđih mutacija papagaja uzrokuju jedinstvene učinke. Čupavi papiga, na primjer, ima malo perje na vrhu glave koje može izgledati kao neuredna perika. Crnoliki papagaj ima crne pruge koje prekrivaju cijelo lice, a ponekad i cijelo tijelo. Neke mutacije papagaja različite su na svakoj strani tijela. Jedna strana može imati plavo perje, dok je druga strana žuta, na primjer, a pruge ili uzorci također mogu varirati na svakoj strani.