Naknade putničkog agenta uključuju naknade koje plaćaju i potrošači i sami putnički agenti. Mnoge putničke agencije naplaćuju korisnicima naknade kako bi nadoknadile troškove rezervacija turističkih proizvoda koji ne plaćaju proviziju, kao i za vrijeme i troškove provođenja istraživanja putovanja ili komunikacije s dobavljačima radi organiziranja posebnog smještaja. Osim potrošačkih naknada, sami turistički agenti mogu plaćati naknade u obliku podijeljenih provizija s agencijama domaćinima, članarine agencije domaćina ili franšizne naknade. Agencije također mogu plaćati članarinu i naknade za obradu kreditnih kartica profesionalnim turističkim organizacijama.
U većini slučajeva, putnički agent će zaraditi većinu svog prihoda kroz provizije koje plaćaju dobavljači turističkih usluga kao što su hoteli i krstarenja. Neki dobavljači putovanja, međutim, ne plaćaju putničkom agentu proviziju ako on ili ona rezervira putovanje u ime svog klijenta. Budući da to predstavlja potencijalni gubitak za agenta, mnogi potrošačima naplaćuju naknade putničkim agentima za svaku rezervaciju bez provizije koju putnička agencija mora napraviti. Na primjer, većina komercijalnih zračnih prijevoznika više ne plaća provizije putničkim agencijama, pa mnoge putničke agencije sada naplaćuju malu naknadu za svaku rezerviranu zrakoplovnu kartu.
Od mnogih potrošača se očekuje da plaćaju naknade putničkim agentima kada rezerviraju vrlo složene putne aranžmane, osobito ako aranžmani zahtijevaju značajno istraživanje od strane putničke agencije. Neki putnici odlučuju posjetiti egzotična odredišta ili planirati duga putovanja na nekoliko različitih mjesta. Ova vrsta putovanja može zahtijevati napore profesionalnog putničkog agenta da odredi zahtjeve za vize, rezervira kvalitetan smještaj i organizira lokalni prijevoz. Budući da to može zahtijevati nekoliko sati rada, neke će putničke agencije zahtijevati da potrošači plate naknade putničkim agentima kako bi pokrili vrijeme provedeno na planiranju putovanja. Osim toga, od kupaca se također može očekivati da pokriju sve troškove koje je putnički agent imao tijekom procesa istraživanja i rezervacije.
Putnički agenti i putničke agencije također mogu morati platiti razne vrste naknada. Nezavisne putničke agencije često rade s agencijom domaćinom koja pruža tehnološku podršku, pristup dobavljačima putovanja i pokriće odgovornosti pojedinačnim agentima. Agenti mogu plaćati različite naknade svojoj agenciji domaćinu kako bi pokrili troškove usluga koje primaju. Ovi agenti također mogu morati podijeliti svoje provizije s agencijom domaćinom. Same agencije mogu odlučiti sudjelovati u raznim programima profesionalnog certificiranja ili koristiti usluge obrade kreditnih kartica koje nude industrijske udruge. U oba slučaja, agencija će platiti jednu ili više vrsta naknada organizaciji koja pruža te usluge.