Nuspojave klorheksidina su raznolike jer se ovaj antiseptik koristi u raznim pripravcima. Obično se nalazi u određenim tekućinama za ispiranje usta, u sapunima ili tekućinama za kirurške pripravke te u otopinama za kontaktne leće. Osim ako osoba nema sistemsku reakciju na tvar, kao što je anafilaktički šok, većina reakcija se javlja lokalno, gdje klorheksidin dolazi u dodir s tijelom. Ako se pojavi štetni učinak, sredstva za ispiranje usta obično uzrokuju simptome u ustima, sapuni rezultiraju kožnim reakcijama, a kontaktne leće ili kirurške otopine za oči vjerojatno će utjecati na oči.
Svatko s alergijom na ovu kemikaliju može doživjeti sustavnu reakciju na njezinu upotrebu u bilo kojem obliku. Znakovi ove najrjeđe nuspojave klorheksidina uključuju otežano disanje i koprivnjaču. Česte su i oticanje usta, lica i jezika. Ovi simptomi zahtijevaju hitnu liječničku pomoć.
U drugim slučajevima, nuspojave klorheksidina obično se pojavljuju u području gdje dolazi do izlaganja. Na primjer, ispiranje usne šupljine zabilježeno je zbog nuspojava kao što su povećani plak, smeđe ili crne boje na zubima i rane u ustima. Hrana i pića mogu imati drugačiji okus ili se mogu pojaviti štetni učinci poput bijelog jezika ili krvarenja desni. Gutanje sredstva za ispiranje usta, koje se ne preporučuje, također može uzrokovati želučane simptome kao što su gastrointestinalne smetnje i bol, ili u rijetkim slučajevima, kolitis.
Nuspojave klorheksidina koje su povezane s kontaktom s kožom često uključuju osip. Neki pacijenti primjećuju peckanje ili ljuštenje kože. Alternativno, ponovljena uporaba može uzrokovati stalnu iritaciju ili svrbež. Neki ljudi razviju kontaktni dermatitis redovitom upotrebom i moraju prijeći na sapun koji nema ovaj sastojak. Životinje također mogu imati iritaciju kože od klorheksidina jer se kemikalija može koristiti za čišćenje rana u veterinarskoj praksi.
Brojni očni kirurzi koriste pripravke s klorheksidinom za čišćenje i pripremu očiju za operaciju. Oni mogu biti povezani s većim rizikom od nuspojava jer je kemikalija prisutna u većim količinama. Neke nuspojave povezane s izloženošću uključuju čireve na rožnici, bol u oku ili iritaciju i oticanje konjunktive, sluznice koja prekriva bjelinu očiju. U rijetkim slučajevima, oštećenje očiju može zahtijevati popravak rožnice.
Količina ove kemikalije koja se koristi u otopinama za kontaktne leće je manja. Ipak, neki imaju nuspojave klorheksidina, uključujući bol u očima ili iritaciju očiju. Ako se ovi simptomi nastave, ljudima se savjetuje da razgovaraju s liječnicima ili, u najmanju ruku, da pređu na otopinu za kontaktne leće koja ne sadrži klorheksidin.