Nuspojave vazektomije su rijetke i predstavljaju malu prijetnju, a postupak se naširoko smatra iznimno sigurnom i pouzdanom metodom kontrole rađanja. Kao i kod svakog kirurškog zahvata, bol je među vjerojatnim nuspojavama vazektomije, uz moguću upalu i infekciju. Moguće su i druge potencijalne nuspojave vazektomije kao što su pad libida ili erektilna disfunkcija, ali su rijetke i izliječive. Neki muškarci razvijaju imunološku reakciju na vlastitu spermu, što može utjecati na njihovo zdravlje. Ipak, najteža nuspojava vazektomije je njezina trajnost; za razliku od drugih kontracepcijskih metoda, vazektomija je doživotna mjera i nije je lako poništiti.
Postoperativna bol je najvjerojatnija nuspojava s kojom se može susresti. Mjesto reza bit će bolno u danima nakon operacije. Ova bol bi se trebala povući unutar tjedan dana, a lijekovi protiv bolova koji se mogu kupiti bez recepta obično su dovoljni za suzbijanje boli.
Infekcija i upala također su moguće nuspojave vazektomije. Očekuje se malo crvenila i oteklina, ali ako ovi simptomi ne nestanu unutar tjedan dana ili ako su popraćeni povišenom temperaturom, možda će biti potrebna liječnička pomoć. Muškarac također može razviti granulom, malu nekanceroznu kvržicu nastalu istjecanjem sperme iz odsječenog sjemenovoda, koji može upaliti i inficirati to područje. Ako se sumnja na bilo koju od ovih nuspojava vazektomije, preporučuje se konzultacija s liječnikom.
Imunološke reakcije na stanice sperme moguće su nakon vazektomije, a neki muškarci proizvode antitijela koja ciljaju spermu. Istraživači su izrazili zabrinutost da bi napad tijela na vlastite stanice mogao dovesti do drugih, potencijalno ozbiljnih stanja, uključujući artritis, aterosklerozu, bolesti srca, dijabetes, multiplu sklerozu i rak. Rezultati studija bili su neuvjerljivi i nikakva veza između ovih stanja i vazektomije nije potvrđena.
Neki muškarci prijavljuju pad seksualnog interesa, a neki prijavljuju erektilnu disfunkciju nakon vazektomije. Međutim, vazektomija ne utječe na razinu proizvodnje testosterona, niti na osjetljivost ili bilo koju fizičku funkciju. Nuspojave vazektomije koje se odnose na seksualni nagon i erektilnu disfunkciju obično su emocionalne prirode, a terapija može biti učinkovita u ispravljanju ovih problema.
Vazektomije nisu lako reverzibilne i trebaju ih poduzeti samo muškarci koji su sigurni da ne žele više imati djece. U nekim slučajevima su pokušani preokreti, ali postupak nije pouzdan. Neki su odlučili pohraniti spermu u banku sperme za slučaj da se predomisli, ali ovo je skupa opcija.
Iako vazektomije nude vrlo pouzdanu kontracepciju, one ne pružaju isti stupanj zaštite koji nude neke druge metode. Vazektomije, na primjer, ne pružaju nikakvu zaštitu od spolno prenosivih bolesti. Idealan kandidat za vazektomiju je monogamni muškarac koji je sa svojom partnericom odlučio da više nema djece.