Jedan od najpoznatijih mikroskopskih organizama u tlu su bakterije. Ovi jednostanični mikroskopski organizmi obiluju tlu i postoje u širokom spektru klasifikacija. Međutim, postoji bezbroj drugih vrsta mikroskopskih organizama u tlu, uključujući viruse, alge i gljive. Krompiri i nematode također su među organizmima u tlu. Bića koja možete vidjeti golim okom, uključujući grinje, mrave, gliste i puževe, također su organizmi u tlu.
Mikroskopski organizmi u tlu mogu uključivati jednostanične ili višestanične mikrobe. Većina ovih organizama ne može se vidjeti bez upotrebe mikroskopa. Virusi su, na primjer, neki od najmanjih organizama i mogu se promatrati samo pomoću elektronskog mikroskopa. Većina mikroskopa koji se koriste u školama nisu dovoljni za gledanje virusa.
Međutim, postoji mnogo vrsta bakterija koje se obično mogu vidjeti običnim optičkim mikroskopom velike snage. Za povremene hobiste ili studente, mnogi oblici bakterija mogu se vidjeti pri 400x snazi. U tlu koje sadrži visok sadržaj bogate organske tvari koja može opskrbiti hranjivim tvarima, bakterije će napredovati i općenito će ih biti u izobilju.
Mnogi oblici bakterija neophodni su za vrtno tlo, a potom i za život biljaka. Neki od ovih proizvoda tla bogatih bakterijama mogu se napraviti u kompostno tlo. Ova materija može biti korisna za uzgoj biljaka i povrća. Međutim, postoje neki oblici bakterija u tlu koji su štetni za biljni i životinjski svijet.
Alge su vrsta mikroflore tla. Sastoje se od tvari zvane klorofil, koja algi omogućuje fotosintezu. To znači da mogu koristiti energiju sunčeve svjetlosti za oslobađanje kisika, što je bitno za sav život. Alge postoje u zelenim, žuto-zelenim i dijatomejskim varijantama. Dijatomeje su život u tlu poznat kao klasifikacija fitoplanktona. Znanstvenici i mikrobiolozi vjeruju da postoji više od 100,000 vrsta dijatomeja.
Iako mnogi ljudi prepoznaju mrave kao vrstu štetnika, ta su stvorenja zapravo vrsta organizama u tlu. Ovi organizmi mogu pomoći u obogaćivanju tla kroz ključnu disekciju određene organske tvari. Ogromne kolonije mrava, međutim, mogu postati štetne za određene biljke i moraju se kontrolirati kako bi se održala kvaliteta života biljaka.
Organizmi u tlu poznati kao nematode su višestanični okrugli crvi kojih ima u velikoj količini u vrtnom tlu. Oni se općenito hrane mnogim vrstama bakterija. Parazitska raznolikost ovih organizama u tlu može biti opasna za zdravlje ljudi, ali i štetna za biljni svijet. Bilo je govora o korištenju nematoda kao vrste insekticida za naš ekološki sustav. Trenutno je ovaj rad još uvijek u fazi planiranja od strane istraživača.