Najpoznatije vrste prirodnog gnojiva su stajski gnoj, malč i kompost. Ostale vrste prirodnih gnojiva uključuju morske alge, pokošenu travu i komercijalno pakirana organska gnojiva koja se prodaju u rasadnicima i trgovinama za vrt. Kao prirodna gnojiva mogu se koristiti i pepeo koji zaostaje u kaminima i pećima, hladna kava i ostali kuhinjski ostaci.
Stajski gnoj, prvenstveno od stoke i peradi, vjerojatno je najstarija vrsta gnojiva koju koriste ljudi i jedan od najčešćih načina gnojidbe usjeva i vrtova. Gnoj se obično zakopava u tlo oko biljaka kako bi se izbjegao gubitak potencijala hranjivih tvari prije nego što dođe do biljaka. Stajnjak sadrži sve komponente dobrog gnojiva. To uključuje dušik, fosfor i kalij, zajedno s mnogo različitih vrsta hranjivih tvari.
Malčiranje je jedna od najčešćih vrsta prirodnog gnojiva. Materijali za malčiranje mogu uključivati koru, borove iglice ili čak pokošenu travu od košnje travnjaka. Osim što će služiti kao gnojivo, mnogi materijali za malčiranje također će pomoći vodi i zraku da prodru u tlo oko biljaka, što će potaknuti rast.
Pokošena trava se nekoliko dana prije nanošenja rasprostire na suncu da se osuši. Isti princip može se primijeniti i s lišćem koje se grablja u jesen. Budući da i pokošena trava i lišće koje se raspada općenito imaju visok sadržaj vlage, treba ih štedljivo primjenjivati kada se koriste kao prirodno gnojivo. Ako se koristi previše, proces razgradnje može dovesti do previše kiselog tla.
Neki vrtlari u tom procesu stvaraju vlastita prirodna gnojiva i recikliraju kuhinjski otpad. Kompost je vrsta malčiranja. Stvara se kompostna hrpa koja obično uključuje ostatke dvorišta, kuhinjski otpad i druge prirodne materijale koji će se razgraditi. Kompostna hrpa se povremeno okreće kako se predmeti raspadaju. Nakon što je došlo do raspadanja, razgrađena tvar koja ostaje poznata je kao kompost i čini izvrsno prirodno gnojivo za dvorišta, vrtove i usjeve.
Vrtlari koji žive u blizini oceana često koriste morske alge kao prirodno gnojivo. Morske alge se skupljaju kada se isperu, a vrtlar tada ispere sol prije nego što je nanese na tlo. Također je dostupan u mnogim rasadnicima i trgovinama s potrepštinama za vrtlarstvo.
Još jedno manje uobičajeno prirodno gnojivo je pepeo koji ostaje u kaminima i pećima. Pepeo zaostao od vatre na drva ima mnogo hranjivih tvari koje su biljke potrebne. Međutim, drveni pepeo se ne smije koristiti na biljkama kojima je potrebna visoka razina kiseline. Osim što će služiti kao gnojivo, pepeo u vrtu štiti biljke od puževa, puževa i nekih insekata.