Liječenje samoozljeđivanja prilagođeno je potrebama svakog pojedinca. Terapeut će započeti radom jedan na jedan s pacijentom koji se samoozljeđuje kako bi razumio razloge takvog ponašanja i otkrio strategiju koju će pacijent koristiti umjesto samoozljeđivanja. Liječenje često uključuje terapiju i može uključivati lijekove. Iako je različit za svaku osobu, tretman samoozljeđivanja općenito je učinkovit kada osoba prepozna potrebu za zamjenom destruktivnih ponašanja onima koja ne rezultiraju ozljedom.
Prvi korak ka svakom uspješnom planu liječenja samoozljeđivanja je da pacijent prepozna problem. Pacijenti koji ne žele prestati sami sebi štetiti mogu se podvrgnuti terapiji kako bi razgovarali o svojim razlozima zbog kojih žele nastaviti s takvim ponašanjem. Ako je samoozljeđivanje ozbiljno i predstavlja rizik za zdravlje i sigurnost pacijenta, može biti potreban privremeni boravak u psihijatrijskoj bolnici. Nakon što je sigurnost pacijenta osigurana, pacijent se može vratiti kući i započeti terapiju s liječnicima koji su obučeni za liječenje samoozljeđivanja.
Kod nekih pacijenata, poremećaji mentalnog zdravlja mogu biti u korijenu samoozljeđivanja. Mogu biti depresivni ili patiti od generaliziranog anksioznog poremećaja ili drugih bolesti koje stvaraju percipiranu potrebu za nanošenjem samoozljeđivanja. Pacijentu s jednim od ovih poremećaja mogu se dati lijekovi na recept kako bi se lakše kontrolirali simptomi. Međutim, ne oštećuju se svi pacijenti zbog poremećaja mentalnog zdravlja.
Terapija je glavni fokus liječenja samoozljeđivanja. Pacijenti mogu raditi jedan na jedan s terapeutima ili u grupnoj terapiji. Svrha terapije je pomoći pacijentu da odredi koja stanja dovode do osjećaja potrebe za nanošenjem štete kako bi se ponašanje moglo predvidjeti i izbjeći.
Učenje novih ponašanja još je jedna komponenta liječenja samoozljeđivanja. Terapeuti će raditi s pacijentima kako bi pronašli odgovarajuće zamjene za ponašanje koje su prilagođene potrebama pacijenta. Pacijente koji se samoozljeđuju zbog tjeskobe može se zamoliti da pokušaju uzeti tople kupke ili slušati tihu glazbu kao alternativno ponašanje, dok se od pacijenata koji sami sebi ozljede zbog ljutnje može tražiti da pokušaju vježbati ili stvarati buku kao načine za ublažavanje emocija.