Slatkovodna akvakultura odnosi se na uzgoj slatkovodnih biljaka i životinja. Mnoge vrste riba, beskralješnjaka i biljaka uzgajaju se u slatkovodnim akvakulturnim sustavima diljem svijeta. Iako se većina ovih sustava koristi za uzgoj hrane, postoje vrste slatkovodnih farmi akvakulture koje su specijalizirane za uzgoj ukrasnih riba i biljaka koje se drže u akvarijima i ribnjacima.
Postoje tri sustava koji se općenito koriste u slatkovodnoj akvakulturi. U sustavu ribnjaka, koji je najjednostavniji za postavljanje i održavanje, poljoprivrednici pohranjuju mladunčad u postojećim ili umjetnim ribnjacima. Alternativno, kavezni sustav može se ugraditi u prirodno vodeno tijelo koje je preveliko za jednostavno berbu. Tehnološki razvoj također je omogućio poljoprivrednicima da preuzmu kontrolu nad vodenim okolišem korištenjem recirkulacijskog sustava. Ovaj sustav omogućuje veliku proizvodnju tijekom cijele godine, ali zahtijeva velika početna ulaganja.
Tilapija, koja brzo raste i relativno je izdržljiva riba, često se uzgaja u ribnjacima, iako se dobro snalazi u bilo kojem sustavu akvakulture. Sa svojim blagim okusom i visokim sadržajem proteina, tilapija je popularna riba u hrani diljem svijeta. Riba se lako razmnožava i jede gotovo sve, što je olakšava uzgoj. U nekim dijelovima svijeta tilapija se čak uzgaja na rižinim poljima, čime se štedi prostor i daje mnogim ruralnim zajednicama dodatni izvor proteina i prihoda. Rakovi, uključujući rakove i škampe, mogu se uzgajati u rižinim poljima uz tilapiju.
Druga vrsta ribe koja se obično uzgaja je pastrva. Zahtijevajući preciznije uvjete od tilapije, pastrve se često uzgajaju u recirkulacijskim sustavima akvakulture. Uzgojene pastrve obično se koriste za poribljavanje jezera, potoka i akumulacija kako bi ih ljudi mogli loviti. Uzgajivačnice pastrve također prodaju svježu ribu trgovinama i tržnicama.
Ukrasne ribe, od zlatne ribice do ciklida, uzgajaju se i uzgajaju korištenjem slatkovodne akvakulture. Koristeći iste principe kao i veći recirkulacijski sustavi, uzgajivači egzotičnih riba moraju kontrolirati svaki aspekt vodenog okoliša kako bi manje otporne vrste uspjele. Uzgajivači akvarijskih riba osiguravaju ribu za trgovinu kućnim ljubimcima.
Biljke se također mogu uzgajati u slatkovodnim akvakulturnim sustavima. Biljke za akvarije i ribnjake, poput lotosa ili lopoča, često se uzgajaju u ribnjacima ili spremnicima. Osim toga, mnoge su otočne zajednice počele koristiti akvaponske tehnologije, koje omogućuju uzgoj slatkovodne ribe i biljaka u simbiotskom sustavu. U akvaponici, otpad koji stvaraju ribe, često tilapija ili som, osigurava hranjive tvari potrebne za uzgoj salate ili drugih biljaka koje se mogu jesti ili prodavati.