Softver za automatizirano trgovanje može se klasificirati prema tržištu na kojem trguje ili prema vrsti korisnika. Opći tipovi tržišta su dionice, roba i valuta. Korisnici su ili pojedinačni trgovci ili veliki trgovački fondovi. Pojedinačni trgovci često koriste softver za maloprodaju, a fondovi razvijaju vlastiti.
Financira trgovinu dionicama, valutama i robnim terminskim postavkama koristeći algoritme koje su razvili i ugradili u svoj softver za automatizirano trgovanje. Točna mehanika ovih algoritama pažljivo se čuva. Fondovi za trgovanje dionicama često koriste takozvane algoritme momentuma, često u kombinaciji s trgovanjem u parovima. Algoritmi zamaha kapitaliziraju kratkoročne promjene cijena velikih količina. Trgovanje u parovima znači odabir dviju dionica u istom sektoru, zatim kupnja jače i kratkotrajna trgovina slabijom.
Fondovi za trgovanje valutom su skloni koristiti algoritme temeljene na otkrivanju ekspanzije cijene i volatilnosti u jednom smjeru. Karakteristike distribucije cijena na tržištu valuta omogućuju uspješnost ovog pristupa, dok je u trgovanju dionicama marginalan. Momentum trgovanje se koristi u nekim softverima za automatizirano trgovanje koje sredstva koriste za trgovinu fjučersima žitarica. Najmanje jedan fond koristi fiziku dinamike fluida za trgovinu fjučersima na burzi.
Maloprodajni softver, nasuprot tome, nudi lijep izgled na zaslonu računala, u kombinaciji s mogućnošću postavljanja nekoliko narudžbi istovremeno pritiskom gumba na zaslonu, i tvrdi da je ovo “automatizirani” softver za trgovanje. Trgovac je i dalje dužan pratiti tržište, odlučiti koje dionice, terminske ugovore ili valute pripadaju njegovoj košarici kojom se trguje gumbima, a zatim odlučiti kada će ući u trgovinu. Neki maloprodajni softver nudi sučelje za kodiranje koje trgovac može koristiti za pisanje i testiranje vlastitih algoritama.
Druga vrsta maloprodajnog softvera za automatizirano trgovanje naziva se trgovanjem u crnoj kutiji. Kupcu se ne otkrivaju algoritmi koje softver koristi, a često mu se ne pruža prikladna prilika da testira je li softver zapravo isplativ. Od kupaca se traži da prihvate s uvjerenjem da je softver bio profitabilan u prošlosti i da će biti profitabilan u budućnosti. Sustavi trgovanja crne kutije nude se za trgovanje dionicama, robnim terminskim postavkama i valutom.
Fondovi koji koriste softver za automatsko trgovanje to opsežno testiraju. Koriste i bootstrap i Monte Carlo testiranje kako bi vidjeli je li sustav profitabilan u laboratoriju. Kada pronađu algoritme koji su uspješni u njihovom režimu testiranja, testiraju ga u stvarnom vremenu. Softver koji generira fond kontrolira sve aspekte trgovanja: određuje koliko trgovati, čime trgovati i kada trgovati, te postavlja naloge izravno na burzi. Pojedinačni trgovac mora oponašati strategiju testiranja sredstava ako želi imati razumne izglede za profitabilno trgovanje.