Softver za specijalno obrazovanje može podučavati djecu vještinama ili pomoći u upravljanju njihovim obrazovnim podacima u školama s posebnim obrazovnim programima. Postoje različite vrste programa koji pomažu djeci da ojačaju svoje vještine čitanja, govora i pisanja. Dostupni su i programi koji pomažu djeci poboljšati svoje matematičke vještine. Ovi programi uključuju igre i prilike za djecu da uvježbaju vještine koje će im trebati u životu kao iu školi.
Softver matematičkih vještina može naučiti djecu kroz igre ili glazbu. Učenici s posebnim potrebama mogu naučiti računati i naučiti osnovne matematičke vještine koristeći interaktivne programe koji im omogućuju manipuliranje objektima na računalu. Lekcije množenja, zbrajanja i oduzimanja tipične su za softver matematičkih vještina. Nadalje, djeca mogu vježbati ono što su naučila koristeći radne bilježnice koje prate softver.
Softver za tipkovnicu pomaže djeci s tjelesnim invaliditetom tipkati na računalu. Ovaj softver može pomoći djeci s disleksijom, poremećajem pažnje i autizmom da nauče tipkati. Ovisno o djetetovom invaliditetu, program bi mogao podučavati tipkanje u kratkim vježbama, nudeći djetetu priliku da vježba ono što je naučilo. Djeca s disleksijom mogu koristiti softver koji im pomaže u vježbanju tipkanja bez transponiranja slova. Softver također može biti učinkovit u pomaganju djeci koja obično imaju problema s ispravnim pisanjem.
Specijalni obrazovni softver za jezične vještine mogao bi koristiti glazbene i govorne vježbe kako bi pomogao djeci da razviju i poboljšaju vještine razumijevanja čitanja, izgovora i gramatike. Neki programi koriste slike i zvuk, što od njih zahtijeva da prepoznaju slike i izgovore riječi nakon što čuju upit. Softver za jezičnu umjetnost može naučiti djecu s teškoćama da pravilno koriste riječi u potpunim rečenicama. Neki jezični umjetnički programi podučavaju pomoću interaktivnih igara u kojima djeca zarađuju bodove dajući točne odgovore. Starija djeca mogu naučiti pisati eseje pomoću softvera dizajniranog da im pomogne u istraživanju, organiziranju, pisanju i uređivanju.
Učitelji koji rade u učionicama u kojima su učenici s teškoćama u razvoju mogu koristiti poseban obrazovni softver za praćenje postignuća ciljeva te prilagođavanja i modifikacija koje su potrebne za svako dijete. Softver se često koristi za izradu individualnog obrazovnog plana (IEP) za učenike u posebnim obrazovnim programima. Dodatni softverski paketi za specijalno obrazovanje mogu pomoći djeci s problemima u ponašanju ili društvenim problemima.
Softver često sadrži nastavne planove i programe koji se usredotočuju na razvoj vještina rješavanja problema. Neki od softverskih sustava zahtijevaju od djece da gledaju multimedijske prezentacije priča i odgovaraju na pitanja vezana uz njih. Djeca uče kako poboljšati svoje procese donošenja odluka. Funkcionalne vještine poput traženja pomoći, izražavanja pritužbe ili rješavanja pritiska vršnjaka neke su od vještina kojima se bavi softverski program za funkcionalne vještine.