Stereo mikroskopi su također poznati kao stereomikroskopi, inspekcijski mikroskopi i mikroskopi za disekciju. Izgledaju slično binokularnim složenim mikroskopima, ali imaju bitnu razliku. Binokularni složeni mikroskop ima jedan objektiv i odgovarajući par okulara. Prizma se koristi za razdvajanje snopa svjetlosti od slike koju formira objektiv na svako oko. Ovo nije isto što i stereo mikroskop, iako ima dva okulara.
Ključna razlika u strukturi između binokularnog složenog mikroskopa i stereo mikroskopa je u tome što stereo mikroskop ima ne samo dva okulara već i dva objektiva. Zbog toga, gledatelj pomoću stereo mikroskopa promatra objekt iz dva malo različita kuta, čineći da se objekt pojavljuje u trodimenziji. Međutim, dvije različite vrste stereo mikroskopa – fiksni i zoom – i dalje nude varijacije u povećanju i mogu li ga se promijeniti. Stereo mikroskopi često imaju manju snagu od složenih mikroskopa. Bilo da imaju fiksno ili zumirano povećanje, općenito su ispod povećanja od 100x. Postoji, međutim, vrsta stereo mikroskopa koji ima modularni dizajn, koji omogućuje korisniku da sastavi stalak, rasvjetni uređaj, objektive i okulare koji odgovaraju potrebama.
Postoje i druge važne razlike između stereo mikroskopa i složenih mikroskopa. Stereo mikroskop pruža gledatelju uspravnu i bočno ispravnu sliku za razliku od naopačke i unatrag slike koju daje složeni mikroskop. Stereo mikroskop također ima veću udaljenost između pozornice i objektiva u većini slučajeva, tako da se na uzorku može raditi ili secirati dok se gleda. Osim toga, sustav flex-arm stvara drugačiju vrstu stereo mikroskopa: onaj u kojem je pozornica bilo koja površina koja vam se sviđa i dostupno je daleko više radnog područja. Kod ovog sustava izostaje baza stereo mikroskopa, a gornji dio s okularima i objektivima postavljen je na fleksibilnu ruku koja se može podići na visinu od 2.5 stope (762 metra). Prilagođeni sustavi također se mogu dizajnirati sa glavom stereo mikroskopa postavljenom na postolje.
Druga razlika u vrstama stereo mikroskopa je vrsta osvjetljenja koju koriste – na primjer, LED prstenasto svjetlo, fluorescentna žarulja ili optička vlakna, bez obzira jesu li opremljeni digitalnom kamerom i/ili video mogućnošću i uključuju li video monitor. Različite vrste stereo mikroskopa izrađuju se za korisnike od djece do profesionalaca. Cijene se kreću od manje od 100 američkih dolara (USD) do najmanje 14,000 američkih dolara – ovo se odnosi na Leica M125 trinokularni zoom stereo mikroskop s ergonomskom nagnutom glavom, svjetlosnom bazom koja se prenosi svjetlom/tamnim poljem i rasponom zumiranja od 8x. do 100x.