Postoje tri važne različite vrste sustava otiska prsta. Jedan je vrsta sustava koji se koristi za prikupljanje i obradu otisaka prstiju. Drugi je tip sustava koji omogućuje identifikaciju otisaka prstiju koji nemaju poznatog vlasnika. Treći je vrsta sustava koji ograničava ili ograničava pristup određenom mjestu, stroju ili prikupljanju informacija na temelju identiteta. Četvrta vrsta kompleta, međutim, dječja je verzija kompleta za identifikaciju otiska prsta, osmišljena kako bi znanstvenicima koji nadolazeći pružili okus forenzičke znanosti.
Dugo vremena ključni dio sustava otiska prsta za prikupljanje otisaka prstiju bio je inkpad. Nedavno su u upotrebu uvedeni sustavi bez tinte. Ova vrsta sustava se uglavnom koristi za podnositelje zahtjeva za zapošljavanje, za dozvole i dozvole, za useljavanje i za knjiženje osumnjičenih. Sustavi su obično izrađeni prema barem jednoj od specifikacija primarnih sustava za identifikaciju otiska prsta kako bi se mogli koristiti zajedno. Osim toga, sustavi su obično zatvoreni u komplet od izdržljive plastike s ručkom, što ga čini lako prenosivim.
Druga vrsta sustava otiska prsta pokušava uskladiti jedan ili više otisaka prstiju prikupljenih pomoću kompleta za prikupljanje ili podignutih s mjesta zločina s kolekcijom identifikacijskih zapisa o otiscima prstiju pohranjenih u bazi podataka. Budući da te baze podataka sadrže mjerenja fizičkih karakteristika pojedinaca, nazivaju se biometrijskim bazama podataka.
Dvije važne baze podataka koje služe ovoj funkciji u SAD-u su Integrirani sustav automatizirane identifikacije otiska prsta (IAFIS) i Automatizirani biometrijski identifikacijski sustav sljedeće generacije (ABIS) (NGA). IAFIS je nacionalna baza podataka koja uključuje ne samo podatke o otiscima prstiju, već i kriminalnu povijest. Održava ga Odjel za informacijske usluge Federalnog istražnog ureda (FBI) (CJIS). Države mogu imati vlastitu implementaciju AFIS-a. I druge zemlje imaju svoje sustave. ABIS, koji je napravljen da djeluje sinkronizirano s IAFIS-om, projekt je Ministarstva obrane (DoD), dizajniran, izgrađen i održavan od strane Lockheed Martin Corporation.
Sustav otiska prsta može se koristiti za sigurnost u raznim situacijama. Elektronički čitači otiska prsta mogu se koristiti za osiguranje računala, kao i za pristup objektima, određenim prostorijama unutar objekata ili vozilu. Djelomično zato što su takvi sustavi bili izloženi zlouporabi, sada se koriste varijacije. Jedna varijacija je da se svakoj osobi izda osobni uređaj koji se nosi i koristi za provjeru identiteta vlasnika. Geometrija ruke, skeniranje mrežnice i šarenice, analiza glasa i prepoznavanje lica natječu se sa sustavima otiska prsta, pri čemu se skeneri šarenice oka smatraju boljim od svih ostalih osim skeniranja mrežnice, za koje se smatra da su najbolji.