Nisu svi oblici bakterija štetni; manje od 1% je izvor bolesti ili infekcije. Nažalost, taj mali postotak često uzrokuje neke neugodne, a ponekad i smrtonosne bolesti. Liječenje bakterijskih infekcija gotovo uvijek uključuje oralno gutanje ili lokalnu primjenu antibiotika. Jedina opasnost kod ovog tijeka liječenja je da i ljudi i bakterije mogu razviti imunitet na antibiotike.
Liječnik mora identificirati specifične bakterije prije propisivanja liječenja bakterijske infekcije. To se obično postiže krvnim pretragama, testovima urina ili kulturom očito zaraženog područja. Stafilokoki – poznatiji kao stafilokoka – obično ulaze u tijelo kroz posjekotinu. Staph infekcije koje uđu u krvotok mogu uzrokovati zatajenje dišnog sustava i smrt.
Streptokoke su izvor nekih vrsta upale pluća, sinusitisa, šarlaha i streptokoknog grla. Ostale vrste opasnih bakterija uključuju e-coli i salmonelu. Dobra vijest je da se gotovo sve te bolesti koje se prenose bakterijama mogu liječiti ako se otkriju rano.
Liječenje bakterijske infekcije ovisi o ozbiljnosti bolesti i o tome koliko su se bakterije proširile. Antibiotici širokog spektra, poput tetraciklina, sposobni su napasti i ubiti mnoge različite vrste bakterija. Liječenje bakterijske infekcije za specifičnije bolesti može zahtijevati antibiotik srednjeg spektra poput penicilina. Antibiotici uskog spektra dizajnirani su za napad na jedan oblik bakterija.
Liječnici paze da ne prepisuju antibiotike zbog problema sa stečenim imunitetom. Bakterije se brzo prilagođavaju, a lijek koji je djelovao tijekom jednog napadaja bolesti mogao bi biti daleko manje učinkovit sljedeći put kada bude potreban. Tretmani manjih bakterijskih infekcija ponekad se mogu liječiti biljem ili suplementima.
Češnjak je vjerojatno najpoznatija biljka koja se koristi u liječenju bakterijskih infekcija; može se jesti sirovo ili uzimati u obliku dodataka. Ljute paprike, kao što su cayenne, jalapeno i habanero, također se smatraju korisnima u borbi protiv učinaka štetnih bakterija. Ulje origana se stoljećima koristi u istočnim zemljama, obično za liječenje bakterijskih infekcija dišnog sustava ili mokraćnih puteva.
Bakterijske infekcije također se mogu ublažiti zdravom prehranom i unosom određenih vitamina i minerala. Često se preporučuju vitamini A, E i C, velikim dijelom za jačanje imunološkog sustava. Jogurt i sir sadrže probiotike koji pomažu u borbi protiv infekcija. Najbolji način za liječenje bakterijskih infekcija je izbjegavanje. Pravilna higijena, osobito često pranje ruku pod vrućom vodom sa sapunom, jedna je od najučinkovitijih dostupnih preventivnih mjera.