Postoje tri različite vrste zapošljavanja medicinske transkripcije: samostalni poduzetnik, rad za tvrtku za medicinske usluge transkripcije ili upravljanje tvrtkom za transkripciju. Medicinski transkripcionist je educirani stručnjak koji prihvaća audio datoteke od liječnika, kirurga i drugog osoblja medicinskih službi i transkribira tekst u pisani dokument. Uz pružanje doslovne transkripcije, od medicinskog transkripcionista se očekuje da ispravi dokument za standardnu gramatiku i koristi odgovarajuću medicinsku terminologiju i kratice.
Samostalni poduzetnik najčešća je vrsta zaposlenja medicinskog transkripcionista. Samostalni poduzetnik je poslovni model u kojem stručna osoba vodi vlastiti posao. Medicinski transkripcionist oglašava svoje usluge potencijalnim klijentima, zajedno s cjenikom. Klijenti predaju svoje audio vrpce transkripcionistu na obradu u dogovorenom vremenskom okviru. Medicinski prepisivač završava posao i vraća gotov proizvod i račun klijentu.
U samostalnom poduzetniku ukupan prihod za pružene usluge smatra se poslovnim prihodom. Transkripcionist je u mogućnosti dovršiti posao prema vlastitom rasporedu i gdje god želi. U ovoj vrsti poslovne strukture postoji širok raspon troškova i poreznih olakšica koji se mogu koristiti za smanjenje oporezivog prihoda koji se ostvaruje putem službi za zapošljavanje medicinske transkripcije. Poslovni rizik apsorbira i transkripcionist — ako klijenti ne plaćaju, nema prihoda za rad.
Rad u službi medicinske transkripcije omogućuje transkripcionistu da primi izvorne datoteke, obradi ih i vrati gotov proizvod službi. Njemu ili njoj se isplaćuje ili plaća ili određena stopa, ovisno o obujmu dovršene obrade. Ova vrsta prihoda od radnog odnosa s medicinskom transkripcijom obično se smatra dohotkom od zaposlenja i podliježe svim standardnim odbicima. Odgovornost tvrtke je pronaći nove klijente, rješavati sve pritužbe i naplatiti. Poslovni rizik apsorbira uslužna tvrtka – ako klijenti ne plaćaju, transkripcionist i dalje mora biti plaćen.
Upravljanje tvrtkom za transkripciju može se dogoditi kada pojedinačna tvrtka postane toliko zauzeta da se mora zaposliti dodatno osoblje. U ovoj vrsti zaposlenja u medicinskoj transkripciji menadžer mora aktivno pronaći nove klijente, održavati stalnu razinu posla za prepisivače i osigurati da se održava ista razina kvalitete.
Prilikom prijelaza s jedne vrste zaposlenja na drugu vrlo je važan rad sa stručnim savjetnicima. Ovaj tim uključuje poslovnog pravnika i računovođu. Poslovni odvjetnik je važan za postavljanje poslovanja u odgovarajuću strukturu kako bi se rizik smanjio na najmanju moguću mjeru, osigurao predložak ugovora o uslugama i pružio savjete o osiguranju od poslovne odgovornosti. Računovođa daje savjete o poreznim prijavama i odbitcima.