Cupcakes mogu biti mali deserti za jednu porciju, ali mnogi od njih sadrže stotine kalorija i gotovo trećinu ukupne količine masti koju bi osoba trebala konzumirati u određenom danu. Iako su tradicionalni kolači često vrlo nezdravi, postoji mnogo vrsta zdravih kolača koji se mogu napraviti. Uglavnom, bilo koji recept za cupcake može se modificirati kako bi se napravili zdravi cupcakes zamjenom nekoliko ključnih sastojaka, posebno šećera, maslaca i rafiniranog bijelog brašna. Iako ove zamjene daju kolačićima bolju nutritivnu vrijednost i manje praznih kalorija, u ovim se desertima ipak treba uživati u umjerenim količinama.
Neki zdravi kolačići eliminiraju dio ili cijeli maslac iz recepta kako bi se eliminirale mnoge kalorije. Umak od jabuka uobičajena je zamjena za maslac jer kolačima daje dodatnu slatkoću i vlažnost. Jogurt bez masnoće ili jogurt sa smanjenom masnoćom također se može upotrijebiti umjesto maslaca kako bi kolačići bili oštriji i glatkiji.
Druge vrste zdravih kolačića mogu koristiti brašno od cjelovitog zrna umjesto rafiniranog bijelog brašna. Ova vrsta brašna, koja se obično koristi u pekarskim proizvodima, izgubila je mnogo svojih hranjivih tvari pa sadrži veliki broj kalorija u odnosu na količinu vitamina, minerala i makronutrijenata koje sadrži. Umjesto bijelog brašna može se koristiti integralno pšenično brašno, ali je moguće koristiti i brašna od drugih žitarica, kao što su kvinoja, amarant ili teff. Okus svakog od ovih brašna ima značajan utjecaj na okus cupcakesa, a okus drugih vrsta brašna često se mora steći prije nego što ljudi uživaju u ovim vrstama zdravih cupcakesa.
Dodavanje svježeg voća i povrća u tijesto za kolače također može učiniti ove deserte zdravijima. Tikvice, mrkva, bundeva, jabuke, bobičasto voće i cikla mogu se pomiješati u kolače kako bi se ovim desertima dalo više okusa i više hranjivih tvari. Većinu ovih sastojaka potrebno je usitniti kako bi se ukuhali u brašno zdravih kolačića i ne bi stvorili džepove od povrća za žvakanje.
Mnogi kolačići se rade s glazurom na vrhu ili nadjevom u sredini. Uglavnom, ovi preljevi su napravljeni s puno šećera i maslaca, koji bez ikakve dodatne prehrane pridonose mnogo kalorija. U zdravim kolačićima, glazura se može napraviti s kremastim sirom smanjene masnoće ili marshmallowom umjesto maslaca i šećera. Kompot od svježeg voća može se koristiti umjesto nadjeva koji su tradicionalno vrlo masnoća.