Dvije glavne vrste zelenog gnojiva su stajski gnoj i kompost. Drugi način za prirodnu gnojidbu vrtova je zaoravanje mrtvih biljaka natrag u tlo. Mnogi vrtlari radije koriste zeleno gnojivo jer ono smanjuje vjerojatnost da neželjene kemikalije uđu u opskrbu hranom.
Kravlji gnoj je vjerojatno najčešća vrsta zelenog gnojiva. Vrtlari ga vole jer ne spaljuje biljke, a sadrži mnoga kemijska svojstva neophodna za zdrav rast biljaka. Kravlji gnoj se sastoji od dušika, potaše i fosfata i mnogih neprobavljenih dijelova organskog materijala, a svi oni čine izvrsna gnojiva.
Svježi kravlji stajski gnoj se može odmah rasporediti na vrtne gredice; međutim, osušeni stajski gnoj najprije se mora usitniti ili izmrviti. Osušeni stajski gnoj zatim treba grabljati preko svježe okrenute gredice, pazeći da se rasporedi ravnomjerno. Kod korištenja svježeg ili suhog stajskog gnoja, u većini slučajeva, nakon rasipanja, dobro je lagano zalijevati područje.
Ostale vrste gnojiva koje se često koriste kao zeleno gnojivo uključuju kokošji i konjski gnoj. Obje ove vrste gnoja nude mnoge iste hranjive tvari kao i kravlji. Ako se gnoj mora kupiti, konjski gnoj je obično nešto skuplji od kravljeg, dok je pileći izmet obično jeftiniji. Jedan nedostatak korištenja pilećeg gnoja je taj što se smatra najsmrdljivijim od svih gnojiva. Ne samo da je miris pretjerano jak, već se može zadržati u zraku mnogo dana.
Ako je održavanje vrta potpuno ekološki problem, potrebno je osigurati da gnojivo dolazi od životinja koje ne sadrže hormone i lijekove. Moguće je da elementi u tragovima iz lijekova i hormona uđu u životinjski otpad. Jedan od načina da budete sigurni da se to neće dogoditi je da prvo dodate gnoj u kompostnu hrpu. Bakterijski učinci hrpe pomoći će eliminirati bilo kakav neorganski sadržaj u stajskom gnoju.
Kompostne hrpe su hrpe ili organske tvari kojima je dopušteno da fermentiraju tijekom vremena. U hrpu komposta može se dodati bilo koja vrsta organske tvari. Većina ljudi započinje svoje kompostne hrpe koristeći ostatke stola i gule od voća i povrća. U većini slučajeva potrebno je oko šest mjeseci da kompostna hrpa fermentira dovoljno da se napravi dobro zeleno gnojivo. Nakon što je kompost spreman, jednostavno se pretvara u gredicu, a zatim lagano zalijeva.
Druga metoda organske gnojidbe je dopustiti da stare gredice odumru, a zatim zaorati mrtve ostatke natrag u tlo. Ovaj mrtvi biljni svijet će na kraju otpustiti hranjive tvari u tlo koje će poboljšati rast novih biljaka. Poljoprivrednici koriste ovu metodu gnojidbe stoljećima.