Razlika između lijekova Armour® Thyroid i Synthroid® je u tome što oni sadrže različite tvari za borbu protiv problema sa štitnjačom. Među medicinskom zajednicom postoji značajna rasprava o tome koja je tvar učinkovitija, ali opći konsenzus je da se učinkovitost svakog lijeka razlikuje od pacijenta do pacijenta. Armour® Thyroid i Synthroid® djeluju na relativno isti način, ali Synthroid® sadrži samo jedan od hormona štitnjače koji su neophodni za normalnu funkciju štitnjače. Ovaj hormon, T4, tijelo može preraditi u drugi esencijalni hormon, T3. Ako tijelo ima poteškoća s ovom sintezom, ili ako se čini da mu je teško asimilirati sintetičku tvar, daje se prirodnija i potpunija alternativa, Armour® Thyroid.
Armour® Thyroid, prirodniji od dva lijeka, napravljen je od isušene štitnjače životinje, najčešće svinje. Sadrži oba potrebna hormona štitnjače, T3 i T4, što je dobro za pacijente kojima je potrebna znatna suplementacija obiju tvari. Liječnici se ponekad ustručavaju propisati prirodniji oblik lijeka jer su neke studije pokazale da se količina potrebnih hormona ne može adekvatno izmjeriti iz štitnjače životinje, a zauzvrat pacijent možda neće dobiti potrebnu dozu tvari. Kako istraživanja napreduju u ovom području, međutim, ova zabrinutost se pokazuje neopravdanom, a Armour® Thyroid se daje mnogim pacijentima jer se čini da bolje podnose prirodnu tvar od one proizvedene isključivo u laboratoriju.
Synthroid®, sintetizirani oblik hormona T4, ima jedan veliki nedostatak jer ne sadrži T3. Ova činjenica potiče raspravu između Armour® Thyroid® i Synthroid®. Ovaj nedostatak se često nadoknađuje uzimanjem drugog suplementa štitnjače, Cytomela, koji sadrži isključivo hormon T3. Synthroid® se daje sam, a zatim se prvo ocjenjuje za njegovu učinkovitost, jer često pacijentovo tijelo može koristiti T4 kao prekursor za stvaranje adekvatne količine T3.
Vremenski okvir za promatranje koji se koristi za sve lijekove za štitnjaču je oko šest tjedana, jer je to vrijeme potrebno tijelu da se prilagodi na suplementiranu tvar. Neki liječnici preferiraju propisivanje Synthroid® jer mogu biti sigurni u dozu tvari jer se proizvodi isključivo u laboratoriju. Međutim, drugi čimbenik koji se mora uzeti u obzir pri odabiru režima na koji će se pacijent smjestiti je kako se osoba općenito osjeća. Armour® Thyroid i Synthroid® imaju prednosti i nedostatke, ali čini se da se većina pacijenata sa štitnjačom općenito osjeća bolje na prirodnijoj alternativi.