Neke razlike između muffina i cupcakesa su gustoća, glazura i hrana koja se peče unutra. Gustoća varira između muffina i cupcakesa, ali su muffini gotovo uvijek gušći zbog dodatnog dodanog brašna. Osim toga, cupcakes obično imaju glazuru, dok muffini nemaju. Druga razlika između njih je ta što muffini mogu sadržavati namirnice poput povrća, pa čak i mesa, što kolačićima obično nedostaje. Međutim, granica između ove dvije stavke može biti nejasna, pogotovo ako se moderni kuhari ne boje prekršiti standardna pravila kuhanja.
Jedna od glavnih razlika između muffina i cupcakesa je ta što se muffini definiraju kao kruh, dok su cupcakes definirani kao mali kolači. Muffini općenito imaju puno više brašna od cupcakesa, što ih čini gušćima. Čak i da su svi ostali sastojci isti, gustoća muffina bi se istaknula, iako je izgled sličan. Ponekad se kolačići prave gušće nego inače, ali obično ne približe gustoći muffina. Osim toga, muffini su obično barem malo veći od cupcakea, dok su veličine cupcakea općenito standardne ili mini.
Još jedna razlika između muffina i cupcakesa je ta što su kolači obično glazirani. Glazura je često slatka ili ponekad slana, ali je li gotovo uvijek prisutna na cupcakeu. S druge strane, muffini obično nemaju glazuru. Obično se jedu obične ili s maslacem, voćnim konzervama ili drugim začinima. Kada su muffini glazirani, često se koriste hranjiviji sastojci u usporedbi s glazurom namijenjenom kolačićima orijentiranim na desert.
Cupcakes obično nemaju dodataka osim povremenih pečenih slatkiša i glazura na vrhu torte. Muffini, s druge strane, često sadrže voće, povrće ili razne druge krepke namirnice. Za razliku od cupcakesa, muffini su često dizajnirani da budu zasitni, a ne kao desert koji se nudi na kraju obroka. Općenito, kolačići su dizajnirani da budu desert, dok muffini mogu biti ili kao desert ili kao normalna hrana.
Ponekad je granica između muffina i cupcakesa malo nejasna. Muffini se mogu zasladiti, a ponekad su kolačići ukusniji nego inače. Ponekad se muffini prave s manje brašna nego inače, a kolačići mogu biti gušći nego inače. Neki ljudi imaju poteškoća da razdvoje muffine i kolače kada su oba glazirana.