Muški i ženski reproduktivni sustavi evoluirali su za različite specijalnosti, ali za isti cilj: stvaranje djece. Cijeli ženski reproduktivni sustav je unutar tijela, dok je veći dio muškog izvan tijela. Funkcionalna razlika između ova dva sustava je u tome što je ženski sustav dizajniran da njeguje bebu dok raste dovoljno da preživi u svijetu, a muški je sustav za isporuku sperme. Pojedinačne komponente sustava također se razlikuju.
Reproduktivni sustav kod žena je u potpunosti unutarnji, s izlaznim i ulaznim točkama u rodnici. Jedna od najuočljivijih razlika između muškaraca i žena su muški genitalije na vanjskoj strani tijela. Niže temperature vanjskog okoliša pomažu u održavanju zdrave sperme i sprječavaju oštećenja od razine topline koja se nalazi u tijelu.
Žena ima odvojene otvore za urin i za menstruaciju i spolni odnos, dok muškarac ima samo jedan otvor za ispuštanje mokraće i sjemena. Iako se vanjski dijelovi vagine obično napune krvlju tijekom spolnog odnosa, muški penis pokazuje puno očitije povećanje. To mu omogućuje da koristi svoj penis iz funkcionalnih razloga i umetne ga u rodnicu.
I muški i ženski reproduktivni sustav proizvode hormone, ali se hormoni razlikuju. Žene proizvode više razine ženskih hormona poput estrogena, a muškarci, na primjer, imaju više testosterona. Ovi hormoni proizvode široke učinke na tijelo, kao što je razvoj sekundarnih spolnih karakteristika poput grudi ili širokih ramena. Oba reproduktivna sustava počinju proizvoditi sve veći broj hormona u pubertetu.
Žene imaju jajašca već pohranjena u jajnicima pri rođenju, a jajne stanice se oslobađaju svaki mjesec. Muškarci, s druge strane, redovito stvaraju novu spermu. Ženski reproduktivni sustav zahtijeva mjesečno razdoblje za obnovu sluznice maternice, dok muški sustav ne zahtijeva redovito održavanje na isti način.
Strukturno, ženski reproduktivni sustav je područje za držanje i njegovanje nerođene bebe. Osim toga, to je prostor u kojem se ženina jajašca mogu pomiješati s muškim spermom i proizvesti novog čovjeka, što omogućuje ženi da prenese neke od svojih gena na sljedeću generaciju, a muškarcu da učini isto. Muški reproduktivni sustav ne sadrži nikakvu biološku opremu koja može podržati novorođenče. Umjesto toga, to je sustav proizvodnje i isporuke sperme.