Prirodni i kultivirani biseri rastu unutar kamenica. Međutim, prirodni biseri nastaju prirodno u kamenicama, dok se kultivirani biseri formiraju u kamenicama ljudskom implantacijom jezgre. Druga glavna razlika između njih je ta što prirodni biser ima deblje sedefne ili sedefne slojeve od kultiviranih bisera.
Slojevi sedefa koji se formiraju na svim biserima sastoje se od mikroskopskih kristala. Preljevni završetak na biserima dolazi od savršenog poravnanja kristala tako da reflektiraju svjetlost. Sedef je 90% kalcijev karbonat i 10% voda i druge organske tvari. Vanjski sloj može izgledati vrlo različito između prirodnih i kultiviranih bisera; prirodni biseri su često manje preljevni od kultiviranih.
Prirodni i kultivirani biseri također mogu izgledati iznimno različito iznutra. Ponekad je dovoljno jako svjetlo da se vidi unutrašnjost bisera, ali obično se unutarnji slojevi bisera mogu vidjeti samo pomoću posebne opreme nalik na rendgenske zrake. Kultivirani biseri često pokazuju usku smeđu liniju oko jezgre, dok prirodni biseri nemaju nijedan od ovih prstenova rasta.
Japanci su izumili proces nukleus metode u berbi bisera. Jezgra koju su ljudi implantirali u kamenicu obično je veća nego što bi bio prirodni biser jer slojevi sedefa neće biti tako debeli u kultiviranom biseru. Inače, kamenica obje oblaže sedefom kako bi se zaštitila od stranih nadražujućih tvari.
Suprotno uvriježenom mišljenju, zrno pijeska obično nije dovoljno iritantno za kamenicu da bi ona stvorila biser. Prirodni biseri se često formiraju od riblje ljuske, parazita ili komada školjke. I prirodni i kultivirani biseri traženi su na današnjem tržištu, ali većina bisera koji se danas prodaju su kultivirani. Osim ako biseri nisu stariji od 80 godina, velika je šansa da su kultivirani, a ne prirodni.
Prirodni biseri su rijetki i većina mekušaca sposobnih za proizvodnju bisera gotovo je izumrla zbog lova na bisere u 1800-ima. Bahrein je jedna od rijetkih preostalih zemalja u kojima ronioci bisera traže prirodne bisere. Bilo koja vrsta bisera može biti skupa jer ih ne pravi svaka kamenica. Samo jedna od 10,000 kamenica će proizvesti biser, a samo nekoliko će imati željeni sjaj i oblik.
Izgled prirodnih i kultiviranih bisera ne ovisi samo o iritantu, već i o uvjetima vode i hrane u kojima kamenica živi. Neki kineski uzgajivači bisera uzgajaju kultivirane slatkovodne bisere koji su vrlo debeli u sedef jer pomiču jezgru bisera dok raste u kamenici tako da će rezultirajući oblik biti ravnomjernije zaobljen. Akoya biseri su kultivirani biseri koje proizvode male japanske kamenice. Zaobljene perle se ugrađuju u kamenice tako da su Akoya biseri obično puno okrugliji od većine kultiviranih slatkovodnih bisera.