Postoji nekoliko razlika između spojnog i mikroskopa za seciranje. Iako se svaki od ovih alata koristi za povećanje subjekta koji se nalazi na stanici mikroskopa, količina povećanja koja se može postići značajno varira između ova dva uređaja. Također su konstruirani na različite načine, uglavnom s obzirom na leće objektiva i očne dijelove.
Jedna od glavnih razlika između složenog i mikroskopa za seciranje je povećanje koje se može postići svakim od ovih alata. Složeni mikroskopi obično mogu povećati objekt za 400 puta, iako nije neuobičajeno pronaći složeni mikroskop koji može povećati objekt za 1,000 puta. S druge strane, mikroskopi za seciranje obično povećavaju objekt samo 40 puta ili manje.
Razlozi za ove razlike u snazi povećanja također odvajaju složeni i secirajući mikroskop jedan od drugog. Složeni mikroskopi općenito se koriste za gledanje vrlo malih, relativno tankih stvari, kao što su stanice. Mikroskopi za seciranje koriste se za gledanje većih predmeta koji imaju veći stupanj dubine, poput zrna peluda. Kao što im ime govori, mikroskopi za seciranje također se obično koriste za seciranje malih oblika života, poput insekata.
Složeni i secirajući mikroskopi također koriste različite leće. Mikroskopi za seciranje često imaju samo jednu leću objektiva koja može omogućiti povećanje objekta unutar zadanog raspona povećanja, kao što je 10 do 30 ili 20 do 40 puta. Postoje tri objektivne leće na složenom mikroskopu: jedna koja omogućuje da se objekt vidi pri približno istom povećanju kao kod mikroskopa za seciranje, jedna koja povećava maksimalnom snagom, često 400 puta, i jedna između. Objektivi na složenom mikroskopu također su mnogo bliže pozornici nego na mikroskopu za seciranje. Dodatni prostor između pozornice i objektiva na mikroskopima za seciranje daje gledatelju prostor da manipulira subjektom dok ga ispituje.
Druga razlika između složenog i mikroskopa za seciranje je u tome što se mikroskop za seciranje uvijek izrađuje s dva oka tako da gledatelj može gledati subjekt s oba oka. To omogućuje promatranje subjekta u tri dimenzije. S druge strane, složeni mikroskopi se često izrađuju samo s jednim okularom. Iako postoje složeni mikroskopi s dva okulara, oni omogućuju gledatelju da vidi samo tanak dio subjekta, čak i ako je trodimenzionalan, tako da je jedan okular obično dovoljan.