Injekcije protiv žute groznice imaju slične nuspojave kao i druga cjepiva. Većina ljudi s nuspojavama osjeća samo blagu nelagodu: mjesto injekcije može postati bolno, modrice i natečene; može postojati i blaga groznica praćena bolom i zimicama. Nekoliko ljudi koji imaju teške simptome mogu doživjeti poteškoće s disanjem, promjene u ponašanju, napadaje, visoku temperaturu, nepravilan rad srca, koprivnjaču i druge simptome koji zahtijevaju hitnu liječničku pomoć. Nuspojave injekcija žute groznice obično se javljaju unutar prvog sata nakon davanja injekcije, ali se mogu razviti i unutar 30 dana nakon injekcije.
Liječnici pažljivije promatraju nuspojave kod ljudi koji nikada nisu primili injekcije žute groznice. Bez povijesti cijepljenja, nemoguće je znati kako će osoba reagirati. Oni koji su primili injekciju i nisu iskusili nikakve nuspojave, vrlo je malo vjerojatno da će razviti nuspojave s ponavljajućim injekcijama.
Mnogi ljudi imaju samo blage učinke nakon injekcije protiv žute groznice, kao što su bol ili ukočenost na mjestu injekcije. Osoba koja je blago bolna također može osjetiti crvenilo, modrice, a možda i oticanje na mjestu uboda. Može se javiti i blaga i kratkotrajna groznica. Za takve simptome liječničko liječenje često nije potrebno; simptomi bi s vremenom trebali nestati. Ako netko želi, može uzimati lijekove bez recepta za ublažavanje groznice i bolova.
Oni koji imaju ozbiljne simptome trebaju odmah potražiti liječničku pomoć. Teške nuspojave od injekcija žute groznice općenito su posljedica alergijskih reakcija i mogu biti smrtonosne. Obično su oni koji pate od takvih reakcija alergični na kokoši, jaja ili želatinu – sve uobičajene sastojke u cijepljenju.
Oni koji imaju takve alergije ohrabruju se da izbjegavaju putovanja u dijelove Afrike i Južne Amerike, gdje je virus žute groznice čest. Ako osoba s alergijom na jaja ili kokoš mora putovati u takve regije, liječnik bi ipak mogao preporučiti cjepivo protiv žute groznice ako se vjeruje da je zaraza virusom opasnija po život od alergijske reakcije od injekcije. Liječnici mogu dati cijepljenje u manjim dozama u nadi da će izazvati manje tešku alergijsku reakciju.
Određeni demografski podaci imaju veću vjerojatnost da će patiti od ozbiljnih nuspojava injekcija žute groznice od drugih. Kao što je spomenuto, oni s alergijama na perad su u opasnosti. Trudnicama se također savjetuje da ne primaju cjepivo, jer može naštetiti nerođenoj djeci. Onima sa slabim imunološkim sustavom i koji su doživjeli zatajenje organa kao posljedicu ozbiljne bolesti također se može savjetovati da ne daju injekciju. Djeca mlađa od devet mjeseci, a posebno ona mlađa od šest mjeseci, smatraju se posebno osjetljivima na negativne nuspojave.